Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003145`

染色体: Chr02 坐标: 52478208-52482319 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003145`
名称	SmilChr02G003145
描述	brassinosteroid LRR receptor kinase BRL1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	52478208 - 52482319 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010142`
GeneID	`131010142`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010142`
原始查询	`SmilChr02G003145`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	brassinosteroid LRR receptor kinase BRL1-like
产物	brassinosteroid LRR receptor kinase BRL1-like
Arabidopsis	`AT3G23530` (AT3G23530) Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821932] identity=50; qcov=1.03; evalue=3.43e-69; confidence=high
Rice	`Os12g0267200` - identity=42.5; qcov=1.03; evalue=2.3e-50; confidence=medium
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010142

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057793540.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057793538.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057793536.1`
4	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057793536.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057793538.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:52478358`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B113,B97,C14,C20,C37
`Chr2:52478371`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	19	A15,A18,A8,A9,B106,B114,B118,B120,B128,B134,B2,B26,B78,B92,C12,C19,C54,C71,D6
`Chr2:52478401`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,C26,C82,C85
`Chr2:52478402`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B7,C55,C67
`Chr2:52478429`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,C26,C82,C85
`Chr2:52478466`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	C60,C77
`Chr2:52478466`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	2	C60,C77
`Chr2:52478486`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B139,B78,C53
`Chr2:52478537`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B124,B6,B88,C67
`Chr2:52478546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B133,C26,C82,C85,D3
`Chr2:52478546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B133,C26,C82,C85,D3
`Chr2:52478560`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B137,B2,B75,C41,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793538.1

257 aa

128

257

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 118-244 aa PF00069 Pkinase 183-250 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793538.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	118	244	1.2e-10	41.9	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057793538.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	183	250	2.3e-10	41.0	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937555.1
AATTAAAAAATTTAATGACCCGTCGAGAATCCGTCCACATATATAAATAAAAAATAATTAGTTTTATTATTTCGGAGAGCCGTCGAGAATCCGTCGAGAAATTAAGATTTTTGATATTAGATCCTCTTCCCCAAAATCAGTTGCTCTAAATATCACTTCCCTACCCCCGCGCTAGCTGCTCCGCCCCCTGCCCCGTCTGCTGCCTCTCCTCGCCGCCGCGCCGCCGAAGTCGCTCTACACGAGCAGGTTCTCCGCTGCTC...

XM_057937557.1
ATTATTAAATTTAATTAAAAAATTTAATGACCCGTCGAGAATCCGTCCACATATATAAATAAAAAATAATTAGTTTTATTATTTCGGAGAGCCGTCGAGAATCCGTCGAGAAATTAAGATTTTTGATATTAGATCCTCTTCCCCAAAATCAGTTGCTCTAAATATCACTTCCCTACCCCCGCGCTAGCTGCTCCGCCCCCTGCCCCGTCTGCTGCCTCTCCTCGCCGCCGCGCCGCCGAAGTCGCTCTACACGAGCAGGT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA

LOC131010142
ATGTCAGGTAAATTGCTTATGTTGGTCTCTGACATTTCATACTCTGTGAGCTTGGACCAAGGCCAAGGTTATGAATGGGGCACTCGAAATGGACTCTCAAGTTTGTTTGCACAAAAGAAGAATGCCCTGAATCCATGGTTTTGGAAAATGATTAGGGAAATCATTAAGTTCAGAGACGACGCCTCTCTTTATGTTGAAGAGCTCGATAACAATCCAGATATTGACCGGAATGAAACACTGGTGACCTTCGTCCAATCCCG...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA

XP_057793536.1
MSGKLLMLVSDISYSVSLDQGQGYEWGTRNGLSSLFAQKKNALNPWFWKMIREIIKFRDDASLYVEELDNNPDIDRNETLVTFVQSRGYSELFQKAFLIPICASIWSWSSAVMTFSAYLTLSILRNHDILELLGLTKRFTPKWLSQSYVNGIKKELESRGCQVKTDSEICSVFTNDMDALKILGKQATYDELRILGAFQYAYSDIFLHHDDNLMPKILGAWGSRNFLGTTNDKACITYWLNSVQKIKEHGVSYLAIGMRF...

XP_057793537.1
MLVSDISYSVSLDQGQGYEWGTRNGLSSLFAQKKNALNPWFWKMIREIIKFRDDASLYVEELDNNPDIDRNETLVTFVQSRGYSELFQKAFLIPICASIWSWSSAVMTFSAYLTLSILRNHDILELLGLTKRFTPKWLSQSYVNGIKKELESRGCQVKTDSEICSVFTNDMDALKILGKQATYDELRILGAFQYAYSDIFLHHDDNLMPKILGAWGSRNFLGTTNDKACITYWLNSVQKIKEHGVSYLAIGMRFNVIGHD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器