当前解析结果
SmilChr02G003146| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003146 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003146 |
| 描述 | SNF1-related protein kinase regulatory subunit beta-2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 52480406 - 52481133 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009720 |
|---|---|
| GeneID | 131009720 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009720 |
| 原始查询 | SmilChr02G003146 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | SNF1-related protein kinase regulatory subunit beta-2-like |
| 产物 | SNF1-related protein kinase regulatory subunit beta-2-like |
| Arabidopsis | AT5G21170 (AKINBETA1)5'-AMP-activated protein kinase beta-2 subunit protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832243] identity=49.1; qcov=1; evalue=5.17e-27; confidence=medium |
| Rice | Os09g0364900 (OJ1001_G09.33-1)- identity=59.8; qcov=0.927; evalue=6.65e-31; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04739 (AMPKBI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009720 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057793111.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057793111.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793111.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057793111.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057793111.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:52480436 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B109 |
Chr2:52480535 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C41,D3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793111.1PF04739
AMPKBI 36-107 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793111.1 |
Pfam | PF04739 |
AMPKBI | Family | 36 | 107 | 5.8e-24 | 84.6 | 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。