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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003146

染色体: Chr02 坐标: 52480406-52481133 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003146
名称SmilChr02G003146
描述SNF1-related protein kinase regulatory subunit beta-2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向52480406 - 52481133 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009720
GeneID131009720
locus_tag-
NCBI NameLOC131009720
原始查询SmilChr02G003146

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SNF1-related protein kinase regulatory subunit beta-2-like
产物SNF1-related protein kinase regulatory subunit beta-2-like
ArabidopsisAT5G21170 (AKINBETA1)
5'-AMP-activated protein kinase beta-2 subunit protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832243]
identity=49.1; qcov=1; evalue=5.17e-27; confidence=medium
RiceOs09g0364900 (OJ1001_G09.33-1)
-
identity=59.8; qcov=0.927; evalue=6.65e-31; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF04739 (AMPKBI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009720

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793111.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057793111.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793111.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793111.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793111.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:52480436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B109
Chr2:52480535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C41,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793111.1
110 aa
N
1
55
110
AMPKBI
C
PF04739 AMPKBI 36-107 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793111.1 Pfam PF04739 AMPKBI Family 36 107 5.8e-24 84.6 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937128.1
ATGAAGGATTATGTTCCAGAAGACATAGATAGCATTTCTGGTTTTGAACCGCCTCAATCACCCGACTCTAGCTACAACAACACTCAACTCGGTCAAGAGGATTTTGGGAAGGAGCCACCCATGGTTCCACCGCATCTCAATTTGACATTACTGAATGCACCATCACCCCAGATGGAGATTCTGCCTCCTTACTCAAGACCGCAGCATGTAGTGCTAAACCATCTTTACATGCACAGAGATAGGAGCCGCCCGTCTGTCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009720
ATGAAGGATTATGTTCCAGAAGACATAGATAGCATTTCTGGTTTTGAACCGCCTCAATCACCCGACTCTAGCTACAACAACACTCAACTCGGTCAAGAGGATTTTGGGAAGGAGCCACCCATGGTTCCACCGCATCTCAATTTGACATTACTGAATGCACCATCACCCCAGATGGAGATTCTGCCTCCTTACTCAAGACCGCAGCATGTAGTGCTAAACCATCTTTACATGCACAGAGATAGGAGCCGCCCGTCTGTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793111.1
MKDYVPEDIDSISGFEPPQSPDSSYNNTQLGQEDFGKEPPMVPPHLNLTLLNAPSPQMEILPPYSRPQHVVLNHLYMHRDRSRPSVVALGSTNRFLSKYVTVVLYKSIQR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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