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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003147

染色体: Chr02 坐标: 52483738-52485579 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003147
名称SmilChr02G003147
描述beta-amyrin 6-beta-monooxygenase-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向52483738 - 52485579 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010143
GeneID131010143
locus_tag-
NCBI NameLOC131010143
原始查询SmilChr02G003147

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-amyrin 6-beta-monooxygenase-like
产物beta-amyrin 6-beta-monooxygenase-like
ArabidopsisAT5G36110 (CYP716A1)
cytochrome P450, family 716, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833607]
identity=44; qcov=0.977; evalue=6.39e-122; confidence=medium
RiceOs07g0518500 (OSJNBa0036M16.135-2)
-
identity=32.4; qcov=1.02; evalue=3.23e-81; confidence=low
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016125 (sterol metabolic process); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGGsmil00999 (Biosynthesis of various plant secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010143

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057793542.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057793542.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793542.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793542.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793542.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:52484518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:52484684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B24,C61
Chr2:52484999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793542.1
470 aa
N
1
235
470
p450
C
PF00067 p450 204-441 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793542.1 Pfam PF00067 p450 Domain 204 441 3.6e-46 158.6 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937559.1
GTATCGTCCCTTCCATCCTTCCCCTAAATAACTTCCTAGCACCTTGCTAGGAAGTTAATATTATTAATATAATAGTACGATTGTATTATGTAAGGAAGAAGCAGTAATTTATACTACTCATTTATCTCTCTTCACTTAACTTCTCTAGTAGCCGTAGCAACCAGAATCCAGAAACAAGCATGGAGAGCTTCATGCCATATCTTCTCTCTCTTCTACTTCTTCGCCTCTCTCTCTATCTCATCTCGTTTGTCCGAAAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010143
ATGGAGAGCTTCATGCCATATCTTCTCTCTCTTCTACTTCTTCGCCTCTCTCTCTATCTCATCTCGTTTGTCCGAAAGAAGGGGAAAAACCTGCCTCCCGGCTGCAACAGTTGGCTGAGAGAAAATCTGAGTCTCAACCTAATAGGCAGCCGATTTTTTTTCCAACACAGGATGCAAAAATATTCTCCTGCTCAGGTATTCAAAACCTCCATCTTCGGAGTGGAGGCGGCGGTATTCTGCGGCGCCCAGGGCAACAAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793542.1
MESFMPYLLSLLLLRLSLYLISFVRKKGKNLPPGCNSWLRENLSLNLIGSRFFFQHRMQKYSPAQVFKTSIFGVEAAVFCGAQGNKFLFTNETKLVSAWRTPSLRKALLPAFVANNKKNPVAIFRSYDLAKPDALRQYIPVMDAVVRRLLPERPNSVVKMLPLSNKYSFELAFKLFTDAAVPEVLEKLIEPFGLLVNGMLALPINLPGTTFSRAVKAGQVARAEVMRMVKERRKEMRETGESEGDGEGRDMLSKMLLLSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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