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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003160

染色体: Chr02 坐标: 52650813-52654043 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003160
名称SmilChr02G003160
描述NAC domain-containing protein 30-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向52650813 - 52654043 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010153
GeneID131010153
locus_tag-
NCBI NameLOC131010153
原始查询SmilChr02G003160

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NAC domain-containing protein 30-like
产物NAC domain-containing protein 30-like
ArabidopsisAT1G71930 (VND7)
vascular related NAC-domain protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843524]
identity=53; qcov=1.06; evalue=5.72e-107; confidence=high
RiceOs08g0103900 (ONAC031)
-
identity=56.4; qcov=0.858; evalue=3.26e-93; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF02365 (NAM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010153

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793551.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793551.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793551.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793551.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057793551.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:52652038 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B103
Chr2:52652038 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B103
Chr2:52652045 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:52652395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,D7
Chr2:52652456 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr2:52652534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr2:52653517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B96,C76
Chr2:52653551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B73
Chr2:52653558 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B87,C46,C50
Chr2:52653592 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:52653604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,A14,B22,B28,B40
Chr2:52653790 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793551.1
310 aa
N
1
155
310
NAM
C
PF02365 NAM 8-135 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793551.1 Pfam PF02365 NAM Family 8 135 1.2e-47 162.2 No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937568.1
ATTACATCTCTCTCTCGCCACCAAATTTAACCAACATTTGATAACTTGTTATCCGCTATTTGCTTCATTAACATTGCATATTCATCACCCTCTCTCTCTATTTCTATATCTCTCTCTCTCTATATATATATACGCACACACACATATATCGACAGACCATTCTCTCTATAAGTTTCTCTCTCTATCTCTCAAGAACCGGACGATCGCGCGAGCTTCGATTCGAGAAGAAGATGGACATGGAGTCGTGCGTCCCCCCCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010153
ATGGACATGGAGTCGTGCGTCCCCCCCGGCTTCCGATTCCACCCCACCGAGGAAGAGCTCGTAGGCTACTACCTCAAGAGGAAGATCGATGATCTGAAAATCGACCTCGACGTCATCATCGAGGTCGATCTCTACAAAATTGAGCCATGGGACATTCAAGATAGGTGCAAATTGGGATATGAAGAGCAGAATGAGTGGTACTTCTTCAGCCACAAGGATAGGAAGTATCCGACGGGGACGCGGACCAATAGGGCGACGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793551.1
MDMESCVPPGFRFHPTEEELVGYYLKRKIDDLKIDLDVIIEVDLYKIEPWDIQDRCKLGYEEQNEWYFFSHKDRKYPTGTRTNRATTAGFWKATGRDKAVLSKDKIIGMRKTLVFYKGRAPNGRKTDWIMHEYRLQTFEHGPPQEEGWVVCRAFKKPNPSHKQGYEAWNYMRSSNMSSSSSSGSYCYRPPSYPNLPSYDPNQNLHQRPPFSAAEALKPSSCAFDGQMVEIPKLDSPSSFATNNDSSFANEEAHEDIKSSF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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