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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003173

染色体: Chr02 坐标: 52836867-52837397 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003173
名称SmilChr02G003173
描述uncharacterized SmilChr02G003173
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向52836867 - 52837397 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009730
GeneID131009730
locus_tag-
NCBI NameLOC131009730
原始查询SmilChr02G003173

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861]; symbol=AT2G13770; hit=AT2G13770; species=arabidopsis; confidence=medium
产物nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861]; symbol=AT2G13770; hit=AT2G13770; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G13770 (AT2G13770)
nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861]
identity=40.4; qcov=0.972; evalue=1.04e-28; confidence=medium
RiceOs01g0872900
-
identity=54; qcov=0.42; evalue=3.74e-21; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF04827 (Plant_tran)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009730

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057793121.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057793121.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057793121.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793121.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793121.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793121.1
176 aa
N
1
88
176
Plant_tran
C
PF04827 Plant_tran 130-172 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793121.1 Pfam PF04827 Plant_tran Family 130 172 2.3e-10 41.2 Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937138.1
ATGAGCAACTACTTACCTTTTCTCACATTGAGGCAAGATGCAACTGGAAGGAATGGTCTATCATCGCTCCAAAAGTGCACCGCAGCTATTCGACAATTGGCATATGCGGCTCCCGGTGATTCACTTGATGAGTACATGTGGATGGGTGAGAGTACTGCATTGAAATGTCTACATGAAATTTGCAGGAGTATGATTACCGTTTATGGTGATCGATATTTGAGGACTCCAAATGCAGCAGTACTGAACGCTTGCTACAAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009730
ATGAGCAACTACTTACCTTTTCTCACATTGAGGCAAGATGCAACTGGAAGGAATGGTCTATCATCGCTCCAAAAGTGCACCGCAGCTATTCGACAATTGGCATATGCGGCTCCCGGTGATTCACTTGATGAGTACATGTGGATGGGTGAGAGTACTGCATTGAAATGTCTACATGAAATTTGCAGGAGTATGATTACCGTTTATGGTGATCGATATTTGAGGACTCCAAATGCAGCAGTACTGAACGCTTGCTACAAATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793121.1
MSNYLPFLTLRQDATGRNGLSSLQKCTAAIRQLAYAAPGDSLDEYMWMGESTALKCLHEICRSMITVYGDRYLRTPNAAVLNACYKCMKKDMASRECWEVSIACIGSGGMAGCITNDTIGFHSSRVTRTRDPVRRKFAQRQEAARKDVERAFRVLQARWAVVRNPARSYFKETFLI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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