Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003199

染色体: Chr02 坐标: 53146247-53150770 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003199
名称SmilChr02G003199
描述receptor protein-tyrosine kinase CEPR2
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向53146247 - 53150770 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010180
GeneID131010180
locus_tag-
NCBI NameLOC131010180
原始查询SmilChr02G003199

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor protein-tyrosine kinase CEPR2
产物receptor protein-tyrosine kinase CEPR2
ArabidopsisAT1G72180 (AT1G72180)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843550]
identity=54; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0878300 (P0018C10.13-1)
-
identity=55.4; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010180

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057793587.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793587.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793587.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793587.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793587.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:53146656 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B136
Chr2:53146820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr2:53147035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B60,B82,C1
Chr2:53147164 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr2:53147462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B131,C43
Chr2:53147924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C71
Chr2:53147942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr2:53147990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:53148253 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr2:53148258 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:53148320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,D11
Chr2:53148362 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793587.1
978 aa
N
1
489
978
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 30-70 aa PF00560 LRR_1 121-138 aa PF00560 LRR_1 144-166 aa PF23598 LRR_14 187-295 aa PF00560 LRR_1 433-455 aa PF00560 LRR_1 459-479 aa PF13855 LRR_8 504-563 aa PF00560 LRR_1 506-527 aa PF00560 LRR_1 529-551 aa PF00069 Pkinase 688-956 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 688-958 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793587.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 70 3.7e-12 47.0 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057793587.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 121 138 3.1e-42 134.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793587.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 144 166 3.1e-42 134.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793587.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 187 295 3.1e-28 99.3 Leucine-rich repeat region
XP_057793587.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 433 455 3.1e-42 134.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793587.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 459 479 3.1e-42 134.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793587.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 504 563 9.2e-34 115.7 Leucine rich repeat
XP_057793587.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 506 527 3.1e-42 134.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793587.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 529 551 3.1e-42 134.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793587.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 688 956 8.5e-46 157.2 Protein kinase domain
XP_057793587.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 688 958 1e-43 150.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937604.1
AAAGAAAAAAAAGGCTGATCTCAGATATGTTGTTGTGTAATTTCTGTTACATAGCACTATTAGTGTAATAAAAAATAAATTCGAGTGTGATGACACCTCCTTATCTTCTGTTTGTTGGCCTTCTCTTTCTTGTCCATTGTCTCATCATTTAGCTCCATTTAAATACTTCCATTTTCCATCAAAACCCCAAAAAATGAAAAAAAATAAAAAAAGTTAACAGTCCTATCTTAGTGCCCAACAAAACTGTTTCTTTTCATTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010180
ATGGCCAAACCATCCAAATCCATTTCCCTCCAAATCCTAACTGTTTTCTTGATCTCATTATCCTGTTTCAAGCCATCCCAAAGCCTAAAATCAGAGGTGGAAGCCTTGCTAGAATTCAAGAAACAGATAGTTGATCCCTTAAACTACTTGGAATCATGGAAAGATTCAGATTCAGATTCCCCTTGTAGATTCTATGGAGTTCATTGTGATCAAGAAATGGTCACTGGGATCTCTCTAGACAACCTGTCCCTCTCAGGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793587.1
MAKPSKSISLQILTVFLISLSCFKPSQSLKSEVEALLEFKKQIVDPLNYLESWKDSDSDSPCRFYGVHCDQEMVTGISLDNLSLSGQISPSLSALRGLASLVLTSHSLTGPLPGELSKCSHLKVLNVSGNYLTGSIPDLSMLTNLESLDLSVNSFTGPLPRWVGNLTGLVSLGLGWNTYDEGDIPESIGNLKRLQWLFLANSSLRGEIPESIFDLEVLGTLDMCINKITGRFPASITKMRRLFKIELYTNNLTGEIPAGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器