当前解析结果
SmilChr02G003211| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003211 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003211 |
| 描述 | transcription factor TCP23-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 53298547 - 53300564 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010183 |
|---|---|
| GeneID | 131010183 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010183 |
| 原始查询 | SmilChr02G003211 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor TCP23-like |
| 产物 | transcription factor TCP23-like |
| Arabidopsis | AT1G58100 (TCP8)TCP family transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842177] identity=47.9; qcov=0.857; evalue=5.43e-72; confidence=high |
| Rice | Os12g0173300 (OsTCP28)- identity=45.6; qcov=0.687; evalue=7.06e-54; confidence=high |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03634 (TCP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010183 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057793592.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793592.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057793592.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057793592.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057793592.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:53299196 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B124,B27,C25 |
Chr2:53299199 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C22 |
Chr2:53299288 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B86 |
Chr2:53299312 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr2:53299314 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
Chr2:53299388 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A22,B127,B23 |
Chr2:53299394 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B115,B17,C45 |
Chr2:53299571 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,B24 |
Chr2:53299787 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C29,C40,C6,D10 |
Chr2:53300025 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B107,B59 |
Chr2:53300025 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B107,B59 |
Chr2:53300096 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793592.1PF03634
TCP 117-219 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793592.1 |
Pfam | PF03634 |
TCP | Family | 117 | 219 | 2e-32 | 113.6 | TCP family transcription factor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。