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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003236

染色体: Chr02 坐标: 53636324-53638451 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003236
名称SmilChr02G003236
描述uncharacterized SmilChr02G003236
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向53636324 - 53638451 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010224
GeneID131010224
locus_tag-
NCBI NameLOC131010224
原始查询SmilChr02G003236

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs02g0328500
-
identity=30.4; qcov=0.532; evalue=1.78e-22; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010224

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793630.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793630.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793630.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793630.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057793630.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:53637252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr2:53637279 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr2:53637355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:53637373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B124,B50,B6,B62,C57
Chr2:53637385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr2:53637460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B2,B53,C44,C8
Chr2:53637473 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr2:53637475 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr2:53637493 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr2:53637512 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:53637545 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr2:53637553 G GCT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937647.1
GGCACGTTTGATAGTATTTCACATTATCTCTATATTATTGATATAGGGACAATTAATACATCATTGGTGTGATTAATTATGTTAGTCTTTTATTTGATAGAAAGTAATTAATACATGTATAACTTGTTTTCCGTGTTTGATGCATTCAGCTATATTGCGTATAATCTGTACAAATGTAAGGCTTATCCCATGAAATTACCATATTACCCTTCACTATTTACAATTTTGACCGATCAGTCCCTTACAAAATTGGGGGAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010224
ATGAGCAACAACCACCAAGACTCTGCTACTAGCAATGAAATGGTTTCAAACAAGTCCAACAAACCCGATAAAACACGACGTAGTTGGTCAACGAGGGAAGAGGAGGTGCTACTTGCAGCAATGAAAGAACTTGTGGTGCAAGGTTGGAAGTCGGATAACGGATTCAGGGCTGGATATCTCGGAAAGCTAGAAGAATCGGTAAAGAAAGTGTTTCCAGGGACGGATCTGAAAGGTATACCGCATATCCATTCGAGAATTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793630.1
MSNNHQDSATSNEMVSNKSNKPDKTRRSWSTREEEVLLAAMKELVVQGWKSDNGFRAGYLGKLEESVKKVFPGTDLKGIPHIHSRIATWKRNYNSLQLILGKTGAGFNVDGKHMIDLDIEEWDIIAKSDPNARSMRTKSWPHLEAWKEIFGKDRATGLGAEDAVDAVNEMQNGVELDNDGTQGDYYPHFEEDVHSEAADASVGQPAKMGGAARSSSRKHSSEQAFDGLCQVISDLSKGANERMEKMSSRIGYKQDLGEAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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