Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003254`

染色体: Chr02 坐标: 53831776-53834508 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003254`
名称	SmilChr02G003254
描述	MICOS complex subunit MIC10-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	53831776 - 53834508 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010238`
GeneID	`131010238`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010238`
原始查询	`SmilChr02G003254`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	MICOS complex subunit MIC10-like
产物	MICOS complex subunit MIC10-like
Arabidopsis	`AT1G72170` (AT1G72170) MICOS complex subunit, putative (DUF543) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843548] identity=55.9; qcov=1.15; evalue=3.09e-37; confidence=medium
Rice	`Os03g0840900` - identity=60.3; qcov=0.876; evalue=1.96e-32; confidence=medium
GO	GO:0005739 (mitochondrion); GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0061617 (MICOS complex)
KEGG	-
Pfam	PF04418 (DUF543)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010238

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057793647.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057793647.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057793647.1`
4	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.20000	`XP_057793648.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793647.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:53831970`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B109
`Chr2:53831970`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B109
`Chr2:53831972`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr2:53832570`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr2:53832600`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B14
`Chr2:53832600`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B14
`Chr2:53832659`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr2:53832686`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr2:53832687`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B32,B6,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793647.1

89 aa

DUF543

PF04418 DUF543 5-74 aa

XP_057793648.1

89 aa

DUF543

PF04418 DUF543 49-74 aa

XP_057793649.1

89 aa

DUF543

PF04418 DUF543 5-74 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793647.1`	Pfam	`PF04418`	DUF543	Domain	5	74	4.9e-22	78.3	Domain of unknown function (DUF543)
`XP_057793648.1`	Pfam	`PF04418`	DUF543	Domain	49	74	2.4e-08	34.5	Domain of unknown function (DUF543)
`XP_057793649.1`	Pfam	`PF04418`	DUF543	Domain	5	74	4.9e-22	78.3	Domain of unknown function (DUF543)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XR_009096516.1
AAAATAAAGAAAGCCGAAAAATAAAATATCAGAGGCCAATGGAAAAAAGAAAAGCGGAAAAATTTAGAAATTCAGACACATAGCGTAACCCTGGGTTGAAACGGAGAGAAGTTTGTTGTTGATTGAGAGGGGGATAGATTCCAGAGTCAAATTGTAGCGATTTTGTTGAAAACAACTCAAAATGGTTGAAAACAGAGCTGAGATTCCTGAGAAATACGATTTGAATGCGAAATGGGATGCCTGTGTCGATTTGAGCGTGC...

XM_057937666.1
AAAATAAAGAAAGCCGAAAAATAAAATATCAGAGGCCAATGGAAAAAAGAAAAGCGGAAAAATTTAGAAATTCAGACACATAGCGTAACCCTGGGTTGAAACGGAGAGAAGTTTGTTGTTGATTGAGAGGGGGATAGATTCCAGAGTCAAATTGTAGCGATTTTGTTGAAAACAACTCAAAATGGTTGAAAACAGAGCTGAGATTCCTGAGAAATACGATTTGAATGCGAAATGGGATGCCTGTGTCGATTTGAGCGTGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131010238
ATGGTTGAAAACAGAGCTGAGATTCCTGAGAAATACGATTTGAATGCGAAATGGGATGCCTGTGTCGATTTGAGCGTGCACCGCTTCGTGTACTCGTCATTCACCGGCGGTTTCGTCGGACTTCTTTTCTTCCGAAGTCCTGTAACACGTTGGGCTTCTGTAGCATTTGGTGTTGGGGTGGGGATCGGCTCTGCATACTCTGAATGCGCTAAAAAATTTAATACATCTGCACCGAAATTGACTCCTCTGCCTGAGGCTGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057793647.1
MVENRAEIPEKYDLNAKWDACVDLSVHRFVYSSFTGGFVGLLFFRSPVTRWASVAFGVGVGIGSAYSECAKKFNTSAPKLTPLPEVSWR

XP_057793648.1
MGCLCRFERAPLRVLVIHRRFRRTSFLPLSINFTNQSAMLNVALGSPVTRWASVAFGVGVGIGSAYSECAKKFNTSAPKLTPLPEAGDE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器