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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003255

染色体: Chr02 坐标: 53836245-53841484 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003255
名称SmilChr02G003255
描述uncharacterized SmilChr02G003255
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向53836245 - 53841484 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010239
GeneID131010239
locus_tag-
NCBI NameLOC131010239
原始查询SmilChr02G003255

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述U3 ribonucleoprotein (Utp) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828039]; symbol=AT4G02400; hit=AT4G02400; species=arabidopsis; confidence=high
产物U3 ribonucleoprotein (Utp) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828039]; symbol=AT4G02400; hit=AT4G02400; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G02400 (AT4G02400)
U3 ribonucleoprotein (Utp) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828039]
identity=51.2; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0343300
-
identity=51.3; qcov=0.947; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005730 (nucleolus); GO:0006364 (rRNA processing); GO:0032040 (small-subunit processome)
KEGGsmil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04615 (Utp14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010239

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793650.1
2 Nucleolus 核仁 1.00000 XP_057793650.1
3 Nucleolus rim Nucleolus rim 0.20000 XP_057793650.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793650.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793650.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:53836431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:53836484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,B78,C18
Chr2:53836659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr2:53837309 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr2:53837347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B87,C46,C50
Chr2:53838929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B51,C85,D10
Chr2:53838958 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr2:53839037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr2:53839184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B124,B27,C25,C34
Chr2:53839458 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C65
Chr2:53840782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr2:53840897 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793650.1
897 aa
N
1
448
897
Utp14
C
PF04615 Utp14 144-863 aa
XP_057793651.1
897 aa
N
1
448
897
Utp14
C
PF04615 Utp14 144-863 aa
XP_057793652.1
896 aa
N
1
448
896
Utp14
C
PF04615 Utp14 144-862 aa
XP_057793653.1
896 aa
N
1
448
896
Utp14
C
PF04615 Utp14 144-862 aa
XP_057793654.1
896 aa
N
1
448
896
Utp14
C
PF04615 Utp14 144-862 aa
XP_057793655.1
896 aa
N
1
448
896
Utp14
C
PF04615 Utp14 144-862 aa
XP_057793656.1
895 aa
N
1
448
895
Utp14
C
PF04615 Utp14 144-861 aa
XP_057793657.1
895 aa
N
1
448
895
Utp14
C
PF04615 Utp14 144-861 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793650.1 Pfam PF04615 Utp14 Family 144 863 4.9e-176 588.2 Utp14 protein
XP_057793651.1 Pfam PF04615 Utp14 Family 144 863 4.9e-176 588.2 Utp14 protein
XP_057793652.1 Pfam PF04615 Utp14 Family 144 862 6.9e-176 587.7 Utp14 protein
XP_057793653.1 Pfam PF04615 Utp14 Family 144 862 6.9e-176 587.7 Utp14 protein
XP_057793654.1 Pfam PF04615 Utp14 Family 144 862 6.5e-176 587.8 Utp14 protein
XP_057793655.1 Pfam PF04615 Utp14 Family 144 862 6.5e-176 587.8 Utp14 protein
XP_057793656.1 Pfam PF04615 Utp14 Family 144 861 9.2e-176 587.3 Utp14 protein
XP_057793657.1 Pfam PF04615 Utp14 Family 144 861 9.2e-176 587.3 Utp14 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937674.1
ATTTAATTAAGTTCAATAATTAATTTGAAGCCCAAAATTATAAAATACCACAAAAGAAAGAATCCCTAATCGCTGTCTTCTTCACGCTCATTACTCAGAACCGCCGCGCCAAGCTTCTTCTTTACTTATTTCTCCTGTACCGTTGGAGTTGGTCTTGGAGATAAACAGCTGAAGTTAGCTTTTCCGCATCGTTTCGTCAGTTCCAATACGCCGAGTACAAGGAACTGCGGGAAATCATGGCGGAGAAGGGGAAATCTAGG...
XM_057937671.1
ATTTAATTAAGTTCAATAATTAATTTGAAGCCCAAAATTATAAAATACCACAAAAGAAAGAATCCCTAATCGCTGTCTTCTTCACGCTCATTACTCAGAACCGCCGCGCCAAGCTTCTTCTTTACTTATTTCTCCTGTACCGTTGGAGTTGGTCTTGGAGATAAACAGCTGAAGTTAGCTTTTCCGCATCGTTTCGTCAGTTCCAATACGCCGAGTACAAGGAACTGCGGGAAATCATGGCGGAGAAGGGGAAATCTAGG...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131010239
ATGGCGGAGAAGGGGAAATCTAGGGGTGACATCACGCATCGTCGAAGGAGAGAGGGGGGAGAGGTTAGGAGCAAAAAGAGGAAGAATTTGAGCTCGAATGGTAAGCATAAGGAGGAGAAAGGCAGTGAGAAGAAGCGCCGGAGTGGACCTCGGCTGCCGAATGCTTTGAAGAAGGAGCTCGAGCATCTTAATCCGACCCTCAATGGAGAGGCTTCGGATGGCGATGAAGAGATTGATTCCGATGGTGCAGTTGGCAATGA...
LOC131010239
ATGGCGGAGAAGGGGAAATCTAGGGGTGACATCACGCATCGTCGAAGGAGAGAGGGGGGAGAGGTTAGGAGCAAAAAGAGGAAGAATTTGAGCTCGAATGGTAAGCATAAGGAGGAGAAAGGCAGTGAGAAGAAGCGCCGGAGTGGACCTCGGCTGCCGAATGCTTTGAAGAAGGAGCTCGAGCATCTTAATCCGACCCTCAATGGAGAGGCTTCGGATGGCGATGAAGAGATTGATTCCGATGGTGCAGTTGGCAATGA...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057793650.1
MAEKGKSRGDITHRRRREGGEVRSKKRKNLSSNGKHKEEKGSEKKRRSGPRLPNALKKELEHLNPTLNGEASDGDEEIDSDGAVGNDVYEYEEGVAEEESTRNRRYDPVENYEFELPEDFEDWKVASDGEEDDDENEDPGRHARMLEEITGLPADAFGGKKKKDLIISEAYPESEYNPSGDILDGDGRISINDLLDPLHGKSGSSKLMKDFQRMRTKSGPTLEPVSKTVQEMIERKTAYELSKKDITRWEPLVKRNREAP...
XP_057793651.1
MAEKGKSRGDITHRRRREGGEVRSKKRKNLSSNGKHKEEKGSEKKRRSGPRLPNALKKELEHLNPTLNGEASDGDEEIDSDGAVGNDVYEYEEGVAEEESTRNRRYDPVENYEFELPEDFEDWKVASDGEEDDDENEDPGRHARMLEEITGLPADAFGGKKKKDLIISEAYPESEYNPSGDILDGDGRISINDLLDPLHGKSGSSKLMKDFQRMRTKSGPTLEPVSKTVQEMIERKTAYELSKKDITRWEPLVKRNREAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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