Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003266`

染色体: Chr02 坐标: 53930778-53932551 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003266`
名称	SmilChr02G003266
描述	immune-associated nucleotide-binding protein 9-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	53930778 - 53932551 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010249`
GeneID	`131010249`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010249`
原始查询	`SmilChr02G003266`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	immune-associated nucleotide-binding protein 9-like
产物	immune-associated nucleotide-binding protein 9-like
Arabidopsis	`AT1G33970` (AT1G33970) P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840294] identity=46; qcov=1.01; evalue=1.2e-83; confidence=high
Rice	`Os02g0557100` - identity=41.1; qcov=0.981; evalue=1.06e-77; confidence=medium
GO	GO:0005525 (GTP binding)
KEGG	-
Pfam	PF01926 (MMR_HSR1); PF04548 (AIG1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010249

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.40000	`XP_057793670.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057793670.1`
3	Endosome	内体	0.40000	`XP_057793670.1`
4	Secretory vesicle	Secretory vesicle	0.20000	`XP_057793670.1`
5	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057793670.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:53931088`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C54
`Chr2:53931109`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr2:53931120`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr2:53931129`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr2:53931232`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B124,B27,C25,C34
`Chr2:53931248`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A2,B109,B122,B70,B82,C48,C60
`Chr2:53931268`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr2:53931401`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B87,C46,C50
`Chr2:53931403`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	D5
`Chr2:53931403`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	D5
`Chr2:53931440`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr2:53931521`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	A2,B109,B122,B82,C60,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793670.1

322 aa

161

322

AIG1

MMR_HSR1

PF04548 AIG1 19-227 aa PF01926 MMR_HSR1 20-121 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793670.1`	Pfam	`PF04548`	AIG1	Domain	19	227	2.5e-74	249.9	AIG1 family
`XP_057793670.1`	Pfam	`PF01926`	MMR_HSR1	Family	20	121	1.9e-06	28.7	50S ribosome-binding GTPase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937687.1
GATATGATGACTATACGGAAGAAAACAAGTTGAACTTTTGAATAAAAACTCTTCGTCTCTTGGTATCATCATCGTCATCTCAAATCGAACATAGTGATAGAGAGAGAAGGTCACTCATATCAAAAGTTGGAAACTGTTCCAAATCCTCTCGGAATGTGGAAGACCACTCGTATACATCTCCATAAATTTAATGCGTCTCTGCAGCTCTCCACTCACAGAGAAGCTCAAAATTTTCACCTGCTTCCGAATTCCTTCACCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010249
ATGGCTAGTTCGTTGTTTGGCGACTACGAGAAGGTTTGCGGCCGCGCCGACGCTAGAACCATCGTTTTAGTAGGTAAGATGGGCAACGGCAAAAGCGCCACCGGGAACAGCCTCATTGGCCGCGAGGTGTTCGATTCTATGCTTAGCTTAGGCGGCGTAACCGCCACTTGCAAACTCGAGACCACCGTCTTAGACGACGGTCGAATTCTCAACGTCGTAGACACTCCCGGTTTATTTGACTCTTCTGTGGAACCTAATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793670.1
MASSLFGDYEKVCGRADARTIVLVGKMGNGKSATGNSLIGREVFDSMLSLGGVTATCKLETTVLDDGRILNVVDTPGLFDSSVEPNVMAKEIANCINLAKDGIHAVLLVLSLGSRFSEEEASAFESLRQIFGGKIADYMIVVFSHGDLLRKNLTLDRFLASNCPNQLTKTLAMCGNRTAVFNNMTEDEVKIRKQREELLSLVENVVADNGGKPYTNDLFQQLKKDEIDEATQGKSSEEKPGGEQFDRFVEMVEVRLKESI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器