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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003305

染色体: Chr02 坐标: 54311953-54312674 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003305
名称SmilChr02G003305
描述ethylene-responsive transcription factor ERF020
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向54311953 - 54312674 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010285
GeneID131010285
locus_tag-
NCBI NameLOC131010285
原始查询SmilChr02G003305

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive transcription factor ERF020
产物ethylene-responsive transcription factor ERF020
ArabidopsisAT1G71520 (AT1G71520)
Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843492]
identity=54.2; qcov=0.966; evalue=5.69e-44; confidence=medium
RiceOs01g0885900 (OsERF#017)
-
identity=60.2; qcov=0.624; evalue=7.34e-25; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010285

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793718.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793718.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793718.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793718.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057793718.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:54312292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,D5
Chr2:54312341 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr2:54312351 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C38
Chr2:54312351 TCC T 2bp_deletion CDS_variant 1 C38
Chr2:54312359 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 C38
Chr2:54312359 CGG C 2bp_deletion CDS_variant 1 C38
Chr2:54312369 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr2:54312375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr2:54312379 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C38
Chr2:54312379 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 C38
Chr2:54312387 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr2:54312390 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793718.1
149 aa
N
1
74
149
AP2
C
PF00847 AP2 18-67 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793718.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 18 67 9.3e-11 42.6 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937735.1
CAACTCCAACAGGTCAGAATTCAAAACACACAAAATCAGCTTAACCAAAAAAAGTAAAAAATGAGCAGCTCATCAGACGACAGCTACCACGGCGGTGGGGCGTCGCAGAAGAAGTATAAAGGCGTCCGCCGCCGCAAGTGGGGGAAATGGGTGTCGGAGATCAGAGTCCCCGGCACCCCGGAGCGCCTGTGGCTGGGCTCCTACGCCACCGCGGAGGCGGCCGCAGTGGCCCACGACGTCGCCTTCTACTGCCTGCGAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010285
ATGAGCAGCTCATCAGACGACAGCTACCACGGCGGTGGGGCGTCGCAGAAGAAGTATAAAGGCGTCCGCCGCCGCAAGTGGGGGAAATGGGTGTCGGAGATCAGAGTCCCCGGCACCCCGGAGCGCCTGTGGCTGGGCTCCTACGCCACCGCGGAGGCGGCCGCAGTGGCCCACGACGTCGCCTTCTACTGCCTGCGAGGGGACTCGTCGCCGCAGAATCTCAACTTCCACCCCGTGGTGCTCCCCGCAGGCGCCGGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793718.1
MSSSSDDSYHGGGASQKKYKGVRRRKWGKWVSEIRVPGTPERLWLGSYATAEAAAVAHDVAFYCLRGDSSPQNLNFHPVVLPAGAGAGMSPRSVQKAASDAGLATDARLIDSRRSENIGGGMQDQSSWQQMESSPKSDGFFNISVEDYL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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