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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003313

染色体: Chr02 坐标: 54390763-54392598 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003313
名称SmilChr02G003313
描述ethylene-responsive transcription factor ERF021
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向54390763 - 54392598 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010292
GeneID131010292
locus_tag-
NCBI NameLOC131010292
原始查询SmilChr02G003313

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive transcription factor ERF021
产物ethylene-responsive transcription factor ERF021
ArabidopsisAT1G71450 (AT1G71450)
Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843486]
identity=46; qcov=1.01; evalue=2.08e-50; confidence=medium
RiceOs11g0242300 (OsERF#019)
-
identity=42.4; qcov=1.03; evalue=1.05e-30; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010292

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793726.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057793726.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793726.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793726.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793726.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:54391879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C1
Chr2:54391994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B4,B57,C49
Chr2:54392139 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:54392242 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 17 A11,A21,A24,B120,B122,B139,B51,B59,B64,B85,C17,C26,C60,C65,C87,D3,D9
Chr2:54392257 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 18 A11,A21,A24,B120,B122,B139,B51,B59,B64,B85,C17,C26,C27,C29,C60,C87,D3,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793726.1
172 aa
N
1
86
172
AP2
C
PF00847 AP2 15-64 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793726.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 15 64 1.5e-13 51.5 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937743.1
ACGCACTCCACCAATTAATTTTACTAGATATTGCACATGACGAAATTAATTCTTTTTAATACGATCAAAATCAAATTAGCTCCACACTCGAGTTACATTTAAATACCATATTTTGACGAGCAAAATAATACATTTAACTCCAATAAAGACTGAATAGATAAATACTTTATAGTACTAAAACATTATCAAATTACTAGAACTGAATTTACGACTTAAACAAAGCTCGACATGATTGATGACAAAATAAACTAAACTAGTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010292
ATGATCAAACAGGACAAGAACGAGGGGGCCGGGACCGGGGCGAGGTATATTGGCGTGAGGAGGCGGAAATGGGGGAGGTGGGTGTCCGAGATTCGTGAGCCGGGTAAAAAGACGCGTATATGGTTGGGGAGTTTCGACACACCTGAGATGGCAGCCGCGGCCTACGATGTCTCCGCATGGTACCTGAGAGGGCCCGATGCCCGCATCAACTTCCCGGAGCTGGTGGAGAGCCTCCCGAAGCCGGCTAGCGCTGACGCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793726.1
MIKQDKNEGAGTGARYIGVRRRKWGRWVSEIREPGKKTRIWLGSFDTPEMAAAAYDVSAWYLRGPDARINFPELVESLPKPASADADDIRQAAQLAAMRLGGVEQNVGSGGEAVPARVKLSPSDIQAINEAPLDSPKMWMELAGPSGVEEPVSYGEIEMEEWDETETYSIWD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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