Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003318

染色体: Chr02 坐标: 54453435-54454414 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003318
名称SmilChr02G003318
描述protein FATTY ACID EXPORT 2, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向54453435 - 54454414 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010298
GeneID131010298
locus_tag-
NCBI NameLOC131010298
原始查询SmilChr02G003318

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FATTY ACID EXPORT 2, chloroplastic-like
产物protein FATTY ACID EXPORT 2%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT3G43520 (AT3G43520)
Transmembrane proteins 14C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823438]
identity=63.6; qcov=0.482; evalue=7.96e-48; confidence=medium
RiceOs04g0653100
-
identity=72.2; qcov=0.441; evalue=4.64e-38; confidence=low
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF03647 (Tmemb_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010298

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057793737.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057793737.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057793737.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793737.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793737.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:54453700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:54453836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr2:54453905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B66,C28,D10
Chr2:54454002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,C27,C61,C70
Chr2:54454205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B89,B94,C1,C85,D5
Chr2:54454210 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:54454289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793737.1
245 aa
N
1
122
245
Tmemb_14
C
PF03647 Tmemb_14 146-236 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793737.1 Pfam PF03647 Tmemb_14 Family 146 236 3.6e-19 69.9 Transmembrane proteins 14C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937754.1
ATGGGAGAACTCTTGGCATTTTCTCAGTCGAGTCTGCTGTTATCACCGCGGTCTCCGCTCTGCTTTTCAAGGCAGCATCATCTTCTCACAGGTTGCAGCCTATCATCACTCTCAATAATTCCACCCGTCACTTACCTGTCAAAAAGGCTTACCACATTTCCAACTTCTCGTGGTGGGCAAAACCAATGTTCTTGGAAGACAGTTGCTGGCGTCATCTCAGACTCTAAGGTACCCACTACCTTTACAGTTGATTCGGCTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010298
ATGGGAGAACTCTTGGCATTTTCTCAGTCGAGTCTGCTGTTATCACCGCGGTCTCCGCTCTGCTTTTCAAGGCAGCATCATCTTCTCACAGGTTGCAGCCTATCATCACTCTCAATAATTCCACCCGTCACTTACCTGTCAAAAAGGCTTACCACATTTCCAACTTCTCGTGGTGGGCAAAACCAATGTTCTTGGAAGACAGTTGCTGGCGTCATCTCAGACTCTAAGGTACCCACTACCTTTACAGTTGATTCGGCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793737.1
MGELLAFSQSSLLLSPRSPLCFSRQHHLLTGCSLSSLSIIPPVTYLSKRLTTFPTSRGGQNQCSWKTVAGVISDSKVPTTFTVDSAGEGIDILPDSGGSDDNIGGGGGNGGGGGGGGGDNGNNGDGGNEDQSHEKKGGMSMSQKLTLGYAALVGIGGAMGYLKGGSQKSLIAGGVSASLLLYVYTALPSNPVLASSVGLLLSASLLGVMGSRFMRSRKIFPTGVVSFVSLVMSGGYLHGILRSLH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器