Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003319`

染色体: Chr02 坐标: 54453435-54455975 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003319`
名称	SmilChr02G003319
描述	uncharacterized SmilChr02G003319
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	54453435 - 54455975 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010299`
GeneID	`131010299`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010299`
原始查询	`SmilChr02G003319`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823745]; symbol=AT3G46020; hit=AT3G46020; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823745]; symbol=AT3G46020; hit=AT3G46020; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT3G46020` (AT3G46020) RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823745] identity=64.3; qcov=0.903; evalue=1.33e-34; confidence=medium
Rice	`Os04g0414300` - identity=44.7; qcov=0.817; evalue=7.9e-18; confidence=low
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005681 (spliceosomal complex); GO:0048026 (positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome)
KEGG	-
Pfam	PF00076 (RRM_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010299

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057793738.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793738.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793738.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793738.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793738.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:54455159`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,C43,D7
`Chr2:54455183`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793738.1

93 aa

RRM_1

PF00076 RRM_1 9-78 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793738.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	9	78	2.2e-22	79.4	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937755.1
ATATCTAATTGTGTAAAACTTACATTTTATTTTATTTTTAGGATATGTAAAACTCTACATATAGTCTTACATAAATGTCTATGTGGGGCCTTATAAATTGTTAAAAAAAATGAGCTCTGTTGAATTTCTGATAAATCTCAGGTTTCTTTTTTTCTTCATTGACAAACCCTACCCCCAAATTCCAACGCCCCCACCTACCTCGATTTTCTGAGTGTTCAGCTCGATTATTGGCGAAACAATTAGCTGCCCACAAAAATATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010299
ATGGCTAGAAGAGCTGCTTCAGAGCTATTTGTAAGCAGGTTGTCGTTTTACACAACAACTGGAGAATTGGAGAGGCTATTCTCGCCCTTTGGCTTAATCGAAGAAGTAAGGCTTATCAAAGATCCTAGGACCCAACGGCCTAAAGGTTTCGGTTTTATCAAATTTGCGAGTGAAATAGATGCTAAGAATGCACTCAAGGCCATGAATGGCAGGATAGTGAATAGCAGGTTGATTTTTGTGGAATTAGCAGAAACTACAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793738.1
MARRAASELFVSRLSFYTTTGELERLFSPFGLIEEVRLIKDPRTQRPKGFGFIKFASEIDAKNALKAMNGRIVNSRLIFVELAETTNPGNPSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器