Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003332`

染色体: Chr02 坐标: 54563853-54572590 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003332`
名称	SmilChr02G003332
描述	SCY1-like protein 2 A
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	54563853 - 54572590 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010311`
GeneID	`131010311`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010311`
原始查询	`SmilChr02G003332`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SCY1-like protein 2 A
产物	SCY1-like protein 2 A
Arabidopsis	`AT1G22870` (AT1G22870) kinase family with ARM repeat domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838892] identity=65.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0616100` - identity=61.2; qcov=1.07; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010311

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057793752.1`
2	Trans-golgi network	Trans-golgi network	1.00000	`XP_057793752.1`
3	Vesicle	囊泡	1.00000	`XP_057793752.1`
4	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.60000	`XP_057793752.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057793752.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:54564248`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr2:54564281`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B124,B27,C25
`Chr2:54564508`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B31
`Chr2:54564508`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B31
`Chr2:54565638`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,C75,D1
`Chr2:54565640`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,C75,D1
`Chr2:54566427`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C14
`Chr2:54566427`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C14
`Chr2:54568456`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr2:54569789`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr2:54569807`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,C75,D1
`Chr2:54569808`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B68,B73,C16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793752.1

909 aa

454

909

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 104-345 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 105-335 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793752.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	104	345	1.8e-21	77.5	Protein kinase domain
`XP_057793752.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	105	335	7e-11	42.6	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937769.1
AATCAAATACACAAGTCTTCTTCTTCCCTCAACAGCCAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGTGAGATCTGAGCTCCGATCATCTCAAAAATCCAATCCTTCTCTCCAACACCGCCACAGCCACCGACAATTTTGATCCCCGAAATACCCTCGTAAAAACCCCTAATTATCCAGCCATGTCCCTCAATATGAAAACCTTAACGCAGGCCTTCGCGAAGGCGTCGGCCGTCATCGAGAAGACCGTGCAAACCACAGTGCAGGAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010311
ATGTCCCTCAATATGAAAACCTTAACGCAGGCCTTCGCGAAGGCGTCGGCCGTCATCGAGAAGACCGTGCAAACCACAGTGCAGGAAGTGACCGGCCTGCCCAGGGCGATGCAGGACTACGACCTCCTCGATCAGATCGGCTCGGCGGGGCCGGGCCTCGCTTGGAAATTGTACTCCGCCAAGTCACGAGACGGCCACGCGCCGGCCGTATACCCTACCGTCTGCGTTTGGGTGCTGGACAAGAAGGCGCTCTCGGAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793752.1
MSLNMKTLTQAFAKASAVIEKTVQTTVQEVTGLPRAMQDYDLLDQIGSAGPGLAWKLYSAKSRDGHAPAVYPTVCVWVLDKKALSEARQRAGLSKAAEDSFLDVIRADAARLVRLRHPGVVHVVHALDESKNTMAMVTEPLFASAANALGNVENIATVPKELKGMEMGILEIKHGLLQIAETLDFLHNNARLIHRAISPETILITSNGAWKLGGFGFAISADQSSNDSASVQPFHYAEYDVEDSILPLQPSINYTAPELV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器