Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003341

染色体: Chr02 坐标: 54624908-54629749 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003341
名称SmilChr02G003341
描述SUN domain-containing protein 4
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向54624908 - 54629749 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010322
GeneID131010322
locus_tag-
NCBI NameLOC131010322
原始查询SmilChr02G003341

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SUN domain-containing protein 4
产物SUN domain-containing protein 4
ArabidopsisAT1G71360 (AT1G71360)
Galactose-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843477]
identity=48.5; qcov=0.712; evalue=8.86e-144; confidence=high
RiceOs01g0876400 (P0698A10.35-1)
-
identity=52; qcov=0.662; evalue=1.22e-143; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0016020 (membrane); GO:0034975 (protein folding in endoplasmic reticulum)
KEGG-
PfamPF07738 (Sad1_UNC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010322

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057793769.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057793769.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057793769.1
4 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057793769.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793769.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:54626867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr2:54627420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B130,B136
Chr2:54627485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:54627513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B23,B71,C62
Chr2:54627517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B55
Chr2:54627536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C22
Chr2:54627637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B94,C61,D5
Chr2:54627651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C22
Chr2:54627756 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B115,B78,C45
Chr2:54627812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C26,C87
Chr2:54627827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr2:54627851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B64,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793769.1
671 aa
N
1
336
671
Sad1_UNC
C
PF07738 Sad1_UNC 289-411 aa
XP_057793770.1
671 aa
N
1
336
671
Sad1_UNC
C
PF07738 Sad1_UNC 289-411 aa
XP_057793771.1
671 aa
N
1
336
671
Sad1_UNC
C
PF07738 Sad1_UNC 289-411 aa
XP_057793772.1
671 aa
N
1
336
671
Sad1_UNC
C
PF07738 Sad1_UNC 289-411 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793769.1 Pfam PF07738 Sad1_UNC Family 289 411 1.4e-33 116.5 Sad1 / UNC-like C-terminal
XP_057793770.1 Pfam PF07738 Sad1_UNC Family 289 411 1.4e-33 116.5 Sad1 / UNC-like C-terminal
XP_057793771.1 Pfam PF07738 Sad1_UNC Family 289 411 1.4e-33 116.5 Sad1 / UNC-like C-terminal
XP_057793772.1 Pfam PF07738 Sad1_UNC Family 289 411 1.4e-33 116.5 Sad1 / UNC-like C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937788.1
TTAATTAGTTTCTACAGTGACCAAATCAGTTACAGCTTTTCACTCCAAAATTCCACCCTTTTCCCACACAATAATTTTGAAAAATTCTAGTACTATAATATAATATTATATCACTGCTTCTCTCTGTCGGCCATTAAAAATTGTGTTCATCCCTGTAGTGAGATGGATACCGCGCAATTACAATCTTGACTTTTGTTTTGTAGTTTGTTTTTTCGGAGAATCCGACAGTTTTAACTGAATCGTTTTTTACGAGTAGTTGA...
XM_057937786.1
TTAATTAGTTTCTACAGTGACCAAATCAGTTACAGCTTTTCACTCCAAAATTCCACCCTTTTCCCACACAATAATTTTGAAAAATTCTAGTACTATAATATAATATTATATCACTGCTTCTCTCTGTCGGCCATTAAAAATTGTGTTCATCCCTGTAGTGAGATGGATACCGCGCAATTACAATCTTGACTTTTGTTTTGTAGTTTGTTTTTTCGGAGAATCCGACAGTTTTAACTGAATCGTTTTTTACGAGTAGTTGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131010322
ATGCAGAGGTCACGGAAAGCTCTTCTACAAAGAAGAGCTGTAAAGGAGGCGATTTGTGGTAGAAGTCGCTTGTATAAGGTCTCTCTTTCTGTTGTTGTCGTTCTCTGGGGCCTTGTCTTCCTCTTAAATTCATGGATCGGCCATGGCGATGGTCAAGCAGAAAGATCAGATGAGTATTCTGTTAATGCAACAAGCTGGGGTGAAGACGAAGTATCTTTTGGCAGGGATGTAAATGAGAGATCATCTATAGACGGACATCC...
LOC131010322
ATGCAGAGGTCACGGAAAGCTCTTCTACAAAGAAGAGCTGTAAAGGAGGCGATTTGTGGTAGAAGTCGCTTGTATAAGGTCTCTCTTTCTGTTGTTGTCGTTCTCTGGGGCCTTGTCTTCCTCTTAAATTCATGGATCGGCCATGGCGATGGTCAAGCAGAAAGATCAGATGAGTATTCTGTTAATGCAACAAGCTGGGGTGAAGACGAAGTATCTTTTGGCAGGGATGTAAATGAGAGATCATCTATAGACGGACATCC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057793769.1
MQRSRKALLQRRAVKEAICGRSRLYKVSLSVVVVLWGLVFLLNSWIGHGDGQAERSDEYSVNATSWGEDEVSFGRDVNERSSIDGHPSDGTTRWDEDEASLDRDVNRRLTDGNTHPSDGTTHPSDGTTRWGEGEVSFDRDGNRRVTVGGHPSAGTVSDNGDNNHSKSESLVELAKENSESAAKEAAAVRKDLPAKENSESAAKEAAVRKDLPTKENSDSHGNMEKDKSLTDELSRGVHIGLDEFKNKAFSSKTKYATGKP...
XP_057793770.1
MQRSRKALLQRRAVKEAICGRSRLYKVSLSVVVVLWGLVFLLNSWIGHGDGQAERSDEYSVNATSWGEDEVSFGRDVNERSSIDGHPSDGTTRWDEDEASLDRDVNRRLTDGNTHPSDGTTHPSDGTTRWGEGEVSFDRDGNRRVTVGGHPSAGTVSDNGDNNHSKSESLVELAKENSESAAKEAAAVRKDLPAKENSESAAKEAAVRKDLPTKENSDSHGNMEKDKSLTDELSRGVHIGLDEFKNKAFSSKTKYATGKP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器