当前解析结果
SmilChr02G003350| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003350 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003350 |
| 描述 | single-stranded DNA-binding protein WHY2, mitochondrial |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 54688348 - 54690758 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010369 |
|---|---|
| GeneID | 131010369 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010369 |
| 原始查询 | SmilChr02G003350 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | single-stranded DNA-binding protein WHY2, mitochondrial |
| 产物 | single-stranded DNA-binding protein WHY2%2C mitochondrial |
| Arabidopsis | AT1G71260 (ATWHY2)WHIRLY 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843467] identity=57.5; qcov=1.04; evalue=2.12e-89; confidence=high |
| Rice | Os02g0158400- identity=48.8; qcov=1.03; evalue=2.92e-73; confidence=high |
| GO | GO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0006952 (defense response) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08536 (Whirly) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010369 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057793849.1 |
| 2 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 0.40000 | XP_057793849.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793849.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793849.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057793849.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:54688536 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B115,B133,C41,C45,C81 |
Chr2:54689117 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr2:54689123 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,C2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793849.1PF08536
Whirly 57-191 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793849.1 |
Pfam | PF08536 |
Whirly | Domain | 57 | 191 | 1.8e-58 | 197.0 | Whirly transcription factor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。