当前解析结果
SmilChr02G003357| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003357 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003357 |
| 描述 | protein BEARSKIN1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 54731688 - 54733486 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010356 |
|---|---|
| GeneID | 131010356 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010356 |
| 原始查询 | SmilChr02G003357 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein BEARSKIN1-like |
| 产物 | protein BEARSKIN1-like |
| Arabidopsis | AT4G10350 (NAC070)NAC domain containing protein 70 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826627] identity=52.9; qcov=1.04; evalue=1.38e-107; confidence=high |
| Rice | Os06g0131700 (ONAC007)- identity=63.1; qcov=0.565; evalue=6.36e-84; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010356 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057793829.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793829.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057793829.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057793829.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057793829.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:54732132 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,B92 |
Chr2:54732367 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:54732511 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,B72,C11 |
Chr2:54732531 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,B72,C11,C49 |
Chr2:54732547 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,B72,C11,C49 |
Chr2:54732568 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,C2 |
Chr2:54732603 |
AGC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A13,B139,B39,B47,B48,B66,B83,B90,B97,C28,C46,C54,C61,C71,C80,C9,D4 |
Chr2:54732613 |
A |
AAC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B48 |
Chr2:54732613 |
A |
AAC |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr2:54732769 |
ACT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 10 | A1,A20,B140,B28,B99,C54,C55,C59,C71,D2 |
Chr2:54732836 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B103,C58,D2 |
Chr2:54732836 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B103,C58,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793829.1PF02365
NAM 7-134 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793829.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 7 | 134 | 3.6e-46 | 157.3 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。