Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003358`

染色体: Chr02 坐标: 54733669-54735584 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003358`
名称	SmilChr02G003358
描述	chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	54733669 - 54735584 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010364`
GeneID	`131010364`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010364`
原始查询	`SmilChr02G003358`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
产物	chlorophyll a-b binding protein CP26%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT4G10340` (LHCB5) light harvesting complex of photosystem II 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826626] identity=85; qcov=0.986; evalue=4.63e-157; confidence=high
Rice	`Os11g0242800` (ASCAB9-A) - identity=79.4; qcov=0.996; evalue=1.73e-154; confidence=high
GO	GO:0009416 (response to light stimulus); GO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane); GO:0009768 (photosynthesis, light harvesting in photosystem I); GO:0010287 (plastoglobule)
KEGG	smil00196 (Photosynthesis - antenna proteins - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00504 (Chloroa_b-bind)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010364

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057793842.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057793842.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	1.00000	`XP_057793842.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793842.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793842.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:54733803`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,C5
`Chr2:54733854`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr2:54734187`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C37,C65
`Chr2:54734414`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C45
`Chr2:54734565`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B22
`Chr2:54734565`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B22
`Chr2:54734586`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B121,C80
`Chr2:54734986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793842.1

283 aa

142

283

Chloroa_b-bind

PF00504 Chloroa_b-bind 85-246 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793842.1`	Pfam	`PF00504`	Chloroa_b-bind	Family	85	246	2.6e-46	158.8	Chlorophyll A-B binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937859.1
AGAAGCTCTCATCAACTTGATTGTTGACCGAAACCTCCTTACAACCTAATGTTAATTTGTACTTGGCAAAGAAAAAAATTTGGCCAGTGAGGATAATTGAGCTCACAAGAAGTGCACTAAGCCATACGTGTAAGGAGGAAGACCAAAGTAATTATTGAAATGCAGTTGGGTTAGTATTTTGATGTGAATTGAGGAGGAATGATGGTTAAAACAAAAGAAGGTAAGTTTTGTGAGTAGCGCGTGAAAATGGGATGGTAGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010364
ATGGCTTCTCTTGCATCCTCCCTTGGCGTGTCGGAGATGCTCGGAAACAAACTGAGCCTCTCCGGGGCATCACGGGCTGCGCCATCTGCATCGAGCCCGGCAACCTTCAAGACGGTGGCCCTTTTCTCGAAGAAGAAGGCAGCTAAGGCCAAGGCTGTTGCTGTGGCCCCAGCAGACGAGGAGCTCGCCAAGTGGTATGGACCTGACAGGAGAATTTTCTTGCCTGATGGGCTCTTGGACAGATCTGAAATCCCAGAGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793842.1
MASLASSLGVSEMLGNKLSLSGASRAAPSASSPATFKTVALFSKKKAAKAKAVAVAPADEELAKWYGPDRRIFLPDGLLDRSEIPEYLTGEVPGDYGYDPFGLSKKPEDFAKYQGYELIHARWAMLGAAGFIIPEAFNKFGANCGPEAVWFKTGALLLDGNTLNYFGKNIPINLVVAVIAEVVLLGGAEYYRITNGLDLEDKLHPGGPFDPLGLAKDPDQAALLKVKEIKNGRLAMFAMLGFFIQAYVTGKGPVENLAAH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器