当前解析结果
SmilChr02G003366| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003366 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003366 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G003366 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 54780957 - 54783038 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010329 |
|---|---|
| GeneID | 131010329 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010329 |
| 原始查询 | SmilChr02G003366 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02902 (Peptidase_C48) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010329 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057793787.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.60000 | XP_057793787.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057793787.1 |
| 4 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057793787.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057793787.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:54781013 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B14,B57 |
Chr2:54781014 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr2:54781023 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A9,B65 |
Chr2:54781029 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr2:54781053 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr2:54781056 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A9,B61,B65 |
Chr2:54781061 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B75,D10,D11 |
Chr2:54781077 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B75,C71 |
Chr2:54781082 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:54781084 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,C44 |
Chr2:54781118 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,B63 |
Chr2:54781132 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,B63 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793787.1PF02902
Peptidase_C48 364-567 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793787.1 |
Pfam | PF02902 |
Peptidase_C48 | Domain | 364 | 567 | 7.1e-09 | 36.5 | Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。