Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003390

染色体: Chr02 坐标: 55023780-55031918 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003390
名称SmilChr02G003390
描述ruBisCO large subunit-binding protein subunit beta, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向55023780 - 55031918 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010328
GeneID131010328
locus_tag-
NCBI NameLOC131010328
原始查询SmilChr02G003390

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ruBisCO large subunit-binding protein subunit beta, chloroplastic-like
产物ruBisCO large subunit-binding protein subunit beta%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT3G13470 (Cpn60beta2)
TCP-1/cpn60 chaperonin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820549]
identity=85.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0114000 (OsCPn60beta1)
-
identity=82.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0009570 (chloroplast stroma); GO:0022626 (cytosolic ribosome); GO:0042026 (protein refolding); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0140662 (ATP-dependent protein folding chaperone)
KEGGsmil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00118 (Cpn60_TCP1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010328

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057793782.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057793782.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057793782.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793782.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793782.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:55024485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr2:55024526 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B82,C1,C41
Chr2:55024619 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C2
Chr2:55024673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:55024874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr2:55029243 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B50,B55,C23,C86
Chr2:55030104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B9,C56,C65
Chr2:55030473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr2:55030613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr2:55030800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B93,C2
Chr2:55030943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B19,B20
Chr2:55030956 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,C75,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793782.1
610 aa
N
1
305
610
Cpn60_TCP1
C
PF00118 Cpn60_TCP1 86-588 aa
XP_057793783.1
608 aa
N
1
304
608
Cpn60_TCP1
C
PF00118 Cpn60_TCP1 86-588 aa
XP_057793785.1
608 aa
N
1
304
608
Cpn60_TCP1
C
PF00118 Cpn60_TCP1 86-588 aa
XP_057793786.1
608 aa
N
1
304
608
Cpn60_TCP1
C
PF00118 Cpn60_TCP1 86-588 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793782.1 Pfam PF00118 Cpn60_TCP1 Family 86 588 9.2e-85 285.9 TCP-1/cpn60 chaperonin family
XP_057793783.1 Pfam PF00118 Cpn60_TCP1 Family 86 588 9e-85 285.9 TCP-1/cpn60 chaperonin family
XP_057793785.1 Pfam PF00118 Cpn60_TCP1 Family 86 588 9e-85 285.9 TCP-1/cpn60 chaperonin family
XP_057793786.1 Pfam PF00118 Cpn60_TCP1 Family 86 588 9e-85 285.9 TCP-1/cpn60 chaperonin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937803.1
GATAAATTTATGTGGGAGAGTTTCTAGATTGTTCCTCTCCGCGAGTCGACCGAGGCGCAACCTGACGGGAAACTTGAAGAAGTGTACGAAGTAAATGACGTCAACTTTTGCTGGCCTGTCCTCAGTCGGTTCATTGGCTGCCCCCGGCAGCAGGGTGCTTGATGATAAAATCGCAGTTTCATCGAGCAGGTTGTCGTCTCTTGCTTCTATATCCGCTAGTTCACTTGGGAGGAGAAAGAATGTGGTCCTCCGCAAAACAC...
XM_057937799.1
AAATTTATGTGGGAGAGTTTCTAGATTGTTCCTCTCCGCGAGTCGACCGAGGCGCAACCTGACGGGAAACTTGAAGAAGTGAGTGAGCTACCCCCTTGACTTCATTTCCACACACTCACCCACTTCTACTAAAAACCTAAATAGACCCATCTTCGACTTGCGGCTGCTTCTGGATAAACCCTCTTCCTCATCCGCTGCCTCGCTTCTAAAACTTTCATTCTTCAATCCTCCTCCAATTTTCCGTGTACGAAGTAAATGAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131010328
ATGACGTCAACTTTTGCTGGCCTGTCCTCAGTCGGTTCATTGGCTGCCCCCGGCAGCAGGGTGCTTGATGATAAAATCGCAGTTTCATCGAGCAGGTTGTCGTCTCTTGCTTCTATATCCGCTAGTTCACTTGGGAGGAGAAAGAATGTGGTCCTCCGCAAAACACGCCCTTCTCAGATAACAGCAGCCGCCAAGGACTTGTACTTCAACAAGGATGGCTCAGCCATCAAGAGACTTCAGGTTGGTGTTAACAAACTTGC...
LOC131010328
ATGACGTCAACTTTTGCTGGCCTGTCCTCAGTCGGTTCATTGGCTGCCCCCGGCAGCAGGGTGCTTGATGATAAAATCGCAGTTTCATCGAGCAGGTTGTCGTCTCTTGCTTCTATATCCGCTAGTTCACTTGGGAGGAGAAAGAATGTGGTCCTCCGCAAAACACGCCCTTCTCAGATAACAGCAGCCGCCAAGGACTTGTACTTCAACAAGGATGGCTCAGCCATCAAGAGACTTCAGGTTGGTGTTAACAAACTTGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057793782.1
MTSTFAGLSSVGSLAAPGSRVLDDKIAVSSSRLSSLASISASSLGRRKNVVLRKTRPSQITAAAKDLYFNKDGSAIKRLQVGVNKLADLVGVTLGPKGRNVVLESKYGAPKIVNDGVTVAREVELEDPVENIGAKLVRQAAAKTNDLAGDGTTTSVVLAQGLIAEGVKVVAAGANPVLITRGIEKTTKALVAELKAISKEVEDSELADVAAVSAGNNYEVGNMIAEALSKVGRKGVVTLEEGRSAENNLYVVEGMQFDRG...
XP_057793783.1
MTSTFAGLSSVGSLAAPGSRVLDDKIAVSSSRLSSLASISASSLGRRKNVVLRKTRPSQITAAAKDLYFNKDGSAIKRLQVGVNKLADLVGVTLGPKGRNVVLESKYGAPKIVNDGVTVAREVELEDPVENIGAKLVRQAAAKTNDLAGDGTTTSVVLAQGLIAEGVKVVAAGANPVLITRGIEKTTKALVAELKAISKEVEDSELADVAAVSAGNNYEVGNMIAEALSKVGRKGVVTLEEGRSAENNLYVVEGMQFDRG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器