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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003396

染色体: Chr02 坐标: 55085173-55089489 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003396
名称SmilChr02G003396
描述S-type anion channel SLAH4-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向55085173 - 55089489 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010350
GeneID131010350
locus_tag-
NCBI NameLOC131010350
原始查询SmilChr02G003396

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述S-type anion channel SLAH4-like
产物S-type anion channel SLAH4-like
ArabidopsisAT1G62262 (SLAH4)
SLAC1 homologue 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007829]
identity=58.9; qcov=0.877; evalue=1.8e-131; confidence=high
RiceOs05g0269200 (SLAC)
-
identity=53.3; qcov=0.838; evalue=1.79e-85; confidence=high
GOGO:0006873 (intracellular monoatomic ion homeostasis); GO:0008308 (voltage-gated monoatomic anion channel activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF03595 (SLAC1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010350

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057793823.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057793823.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057793823.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793823.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793823.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:55085431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B19
Chr2:55085500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B84,C74
Chr2:55085771 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr2:55085813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:55086090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B94
Chr2:55086130 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:55089224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B84,C45,C74
Chr2:55089298 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 D7
Chr2:55089298 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793823.1
358 aa
N
1
179
358
SLAC1
C
PF03595 SLAC1 23-325 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793823.1 Pfam PF03595 SLAC1 Family 23 325 4.1e-43 148.5 Voltage-dependent anion channel

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937840.1
ACAACAAAACAAATGACGCATCCACCACTTTTAAATTTTTAATTAATGTTGAAATAAACTATATATACTATATACACGATCCCTTTCTTTTTCCTGTTTTAATTATCTCACATATACGCACTTCATCTGTCAACTAGCTAGCTATATTAATAGTCAAAGTTATAGGCGCTTCTCTTCACAACACAAATATGGAGGTCGAAAGCTGTGCAAAATCCCCCATTAAAGATTTAGCCCTAGTAGCCATAACAAGAACTCATGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010350
ATGGAGGTCGAAAGCTGTGCAAAATCCCCCATTAAAGATTTAGCCCTAGTAGCCATAACAAGAACTCATGCTGGTTATTTCAGAATAGCCCTTTCTCTTGGATGGCAAGCTTTACTATGGAAAATCCTACTCCGCGAGGCTGAAGATTCAAGAATAAAAATGTATTTCCTAACCATTCTATGGTCTTTCTCTCTCTTAATCCTGGTTGTTCTGTCTCTGCTGTACCTGCTACGATGCATCTTCTTGTTGGAGATGATCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793823.1
MEVESCAKSPIKDLALVAITRTHAGYFRIALSLGWQALLWKILLREAEDSRIKMYFLTILWSFSLLILVVLSLLYLLRCIFLLEMIKGEFSHHVGVNYLFAPWISWLLILESAPFVTPKHVSFVVLWWVFAAPIVLLDVKIYGQWFTKGKSFLTAVANPSSHLSVVGNLVGARAASKMGWREVSLFLFSLGMVHYLVLFVTLYQRLSGGDLLPTILRPVFFLFFAAPSVASLAWYSISGSFDTASKMMFFLSLFLFTSLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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