当前解析结果
SmilChr02G003396| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003396 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003396 |
| 描述 | S-type anion channel SLAH4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 55085173 - 55089489 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010350 |
|---|---|
| GeneID | 131010350 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010350 |
| 原始查询 | SmilChr02G003396 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | S-type anion channel SLAH4-like |
| 产物 | S-type anion channel SLAH4-like |
| Arabidopsis | AT1G62262 (SLAH4)SLAC1 homologue 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007829] identity=58.9; qcov=0.877; evalue=1.8e-131; confidence=high |
| Rice | Os05g0269200 (SLAC)- identity=53.3; qcov=0.838; evalue=1.79e-85; confidence=high |
| GO | GO:0006873 (intracellular monoatomic ion homeostasis); GO:0008308 (voltage-gated monoatomic anion channel activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03595 (SLAC1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010350 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057793823.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057793823.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057793823.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793823.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793823.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:55085431 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B19 |
Chr2:55085500 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,B84,C74 |
Chr2:55085771 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C28 |
Chr2:55085813 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:55086090 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,B94 |
Chr2:55086130 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr2:55089224 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B115,B84,C45,C74 |
Chr2:55089298 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D7 |
Chr2:55089298 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793823.1PF03595
SLAC1 23-325 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793823.1 |
Pfam | PF03595 |
SLAC1 | Family | 23 | 325 | 4.1e-43 | 148.5 | Voltage-dependent anion channel |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。