Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003402`

染色体: Chr02 坐标: 55165572-55168835 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003402`
名称	SmilChr02G003402
描述	probable disease resistance protein At4g33300
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	55165572 - 55168835 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010316`
GeneID	`131010316`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010316`
原始查询	`SmilChr02G003402`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable disease resistance protein At4g33300
产物	probable disease resistance protein At4g33300
Arabidopsis	`AT4G33300` (ADR1-L1) ADR1-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829466] identity=52; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0586000` - identity=55.2; qcov=0.735; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0050832 (defense response to fungus)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF05659 (RPW8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010316

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057793760.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057793760.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793760.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793760.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793760.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:55165882`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr2:55166101`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr2:55166300`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,D10
`Chr2:55166336`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,C18,C24
`Chr2:55166921`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C49,C79,D4
`Chr2:55166990`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr2:55167370`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B135,B49,C12,C58
`Chr2:55167448`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127
`Chr2:55167948`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B70
`Chr2:55168002`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A25,B31,C18,C83,D10
`Chr2:55168047`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr2:55168282`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793760.1

823 aa

412

823

RPW8

NB-ARC

PF05659 RPW8 9-129 aa PF00931 NB-ARC 186-345 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793760.1`	Pfam	`PF05659`	RPW8	Family	9	129	4.1e-11	43.4	Arabidopsis broad-spectrum mildew resistance protein RPW8
`XP_057793760.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	186	345	4.4e-22	79.2	NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937777.1
CCATAATCGTGTGGAAGATATTGATATTTTGGTGGCGGCCGCAGGGCTATCTTCGTCATTACAACAAAACGTCATTTAAGTTAGGCTCTTCCACTTAAAAAGCAGCCTTCATCACAGGCTTGTGGCTGCCTTATAGATTGGCAACAGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCAATATGGCTGTAACAGATTTCTTCGCCGGCGAGATAGCCACAGAGCTTCTGAAACAGCTGGCCCTCATAGCCCGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010316
ATGGCTGTAACAGATTTCTTCGCCGGCGAGATAGCCACAGAGCTTCTGAAACAGCTGGCCCTCATAGCCCGAAAATCGGCATCGTGTCGGTCGAGCGCCAAGCAGCTCATGGATTACATCAATGACCTTCTCCCGATCATCCAAGAAATCAAGCTGACCGGCAACGAGCTCTCGCAGCACCGGCAGCGGCAACTCGACACCTTCTCCCAGACTCTTTCTGGCGGCCTCGAATTGGCCAACAAAGTCCTCAGCTCTCCTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793760.1
MAVTDFFAGEIATELLKQLALIARKSASCRSSAKQLMDYINDLLPIIQEIKLTGNELSQHRQRQLDTFSQTLSGGLELANKVLSSPRWNVYRNIRLAQKMEKLEKNVSRFLNGTVQLHVLADVHHVRFDTAERFDQLNWKLGAMKIGVDGDGGCLGAAVKRVEEQERWCEDNLVNLGCTGLELGKMKVKEMLMANHHNVVGIHGIGGIGKTTLAREICKDDQIKSYFNRVFFLTVSQSPNVEQLKSKIWETVSGSSIVGN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器