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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003409

染色体: Chr02 坐标: 55259912-55264764 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003409
名称SmilChr02G003409
描述mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向55259912 - 55264764 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010319
GeneID131010319
locus_tag-
NCBI NameLOC131010319
原始查询SmilChr02G003409

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5-like
产物mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5-like
ArabidopsisAT5G66850 (MAPKKK5)
mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836819]
identity=43.9; qcov=1.01; evalue=3.71e-145; confidence=medium
RiceOs07g0119000 (OsMAPKKK11)
-
identity=45.8; qcov=0.998; evalue=2.76e-160; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010319

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057793765.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057793765.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057793765.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793765.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793765.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:55260119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr2:55260169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr2:55260333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr2:55261076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr2:55262584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr2:55263019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,C70
Chr2:55263297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr2:55263320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B53,B68,B71,C45
Chr2:55263457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr2:55263490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr2:55263564 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B77
Chr2:55263564 ACT A 2bp_deletion CDS_variant 1 B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793765.1
717 aa
N
1
358
717
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 307-566 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 309-561 aa
XP_057793766.1
588 aa
N
1
294
588
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 307-566 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 309-561 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793765.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 307 566 2.6e-67 227.7 Protein kinase domain
XP_057793765.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 309 561 2.2e-45 155.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057793766.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 307 566 1.7e-67 228.3 Protein kinase domain
XP_057793766.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 309 561 1.5e-45 156.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937782.1
AGCAACAAGGTCCACCATCGAAGGGAAAAAACAAGCAGATATGCATCAACTTTTATCGAAAATTCTTAGGTAGGGAAGGTTGACTTCAACAGCCAAGCCACGAAAAAAACCATTCTCTGCTACTATGGCCCCTACGTTTGTATTCATTGATGTCTCCGCAATTTGATTTCTCGATTTCGTTATTATGCCTTCGCTCTGGACTGCACTGTCTCTGTCGTCGTCGTCCACTCGCAAGCGGCCGTTGAAGGGCAAGGGCAAGA...
XM_057937783.1
TAGCAACAAGGTCCACCATCGAAGGGAAAAAACAAGCAGATATGCATCAACTTTTATCGAAAATTCTTAGGTAGGGAAGGTTGACTTCAACAGCCAAGCCACGAAAAAAACCATTCTCTGCTACTATGGCCCCTACGTTTGTATTCATTGATGTCTCCGCAATTTGATTTCTCGATTTCGTTATTATGCCTTCGCTCTGGACTGCACTGTCTCTGTCGTCGTCGTCCACTCGCAAGCGGCCGTTGAAGGGCAAGGGCAAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131010319
ATGCCTTCGCTCTGGACTGCACTGTCTCTGTCGTCGTCGTCCACTCGCAAGCGGCCGTTGAAGGGCAAGGGCAAGAGCAAGAGCTCTAACGATATTTTCATCAATGATCAGAAGAGAAAGCTAAATCGACAGAGGAAGTTGAGGCATGTCACTGACGATGAAGTCGGCGTCAATTCCTCTGCTGCTGATGACAAATCCCAGTCCTGGCCCGTTTCTCCGGATTCGGGCTCCGGGCCTGCCTCTGGGGCCCGAACTCCTCA...
LOC131010319
ATGCCTTCGCTCTGGACTGCACTGTCTCTGTCGTCGTCGTCCACTCGCAAGCGGCCGTTGAAGGGCAAGGGCAAGAGCAAGAGCTCTAACGATATTTTCATCAATGATCAGAAGAGAAAGCTAAATCGACAGAGGAAGTTGAGGCATGTCACTGACGATGAAGTCGGCGTCAATTCCTCTGCTGCTGATGACAAATCCCAGTCCTGGCCCGTTTCTCCGGATTCGGGCTCCGGGCCTGCCTCTGGGGCCCGAACTCCTCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057793765.1
MPSLWTALSLSSSSTRKRPLKGKGKSKSSNDIFINDQKRKLNRQRKLRHVTDDEVGVNSSAADDKSQSWPVSPDSGSGPASGARTPHPAACDGHWSKSAVPQPLPRPEMNHHLPQTDCSRDPLPIARKHSPQIYGKTTDDIVRNNYLYPTYRRRGFPQELHLDTAANEFDLHFPARSAPSSGYSSPLLSPQKYRTVDLFRPSFQASSAWETSASDRISTSYKISPTPTPEHSPLHSPTNLGNTKNSNAVFVHSHNKSLAE...
XP_057793766.1
MPSLWTALSLSSSSTRKRPLKGKGKSKSSNDIFINDQKRKLNRQRKLRHVTDDEVGVNSSAADDKSQSWPVSPDSGSGPASGARTPHPAACDGHWSKSAVPQPLPRPEMNHHLPQTDCSRDPLPIARKHSPQIYGKTTDDIVRNNYLYPTYRRRGFPQELHLDTAANEFDLHFPARSAPSSGYSSPLLSPQKYRTVDLFRPSFQASSAWETSASDRISTSYKISPTPTPEHSPLHSPTNLGNTKNSNAVFVHSHNKSLAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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