Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003424`

染色体: Chr02 坐标: 55445472-55451947 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003424`
名称	SmilChr02G003424
描述	B3 domain-containing protein Os01g0723500-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	55445472 - 55451947 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010401`
GeneID	`131010401`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010401`
原始查询	`SmilChr02G003424`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	B3 domain-containing protein Os01g0723500-like
产物	B3 domain-containing protein Os01g0723500-like
Arabidopsis	`AT3G18990` (VRN1) AP2/B3-like transcriptional factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821432] identity=25.1; qcov=0.691; evalue=1.1e-14; confidence=low
Rice	`Os01g0723500` - identity=29.2; qcov=0.73; evalue=7.7e-39; confidence=low
GO	GO:0003677 (DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF02362 (B3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010401

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793884.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793884.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793884.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793884.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057793884.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:55447646`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr2:55447745`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B93,C2
`Chr2:55448328`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr2:55448567`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B59,B69
`Chr2:55448567`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B59,B69
`Chr2:55448620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr2:55450946`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A25,C18
`Chr2:55450947`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A25,C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793884.1

537 aa

268

537

PF02362 B3 19-99 aa PF02362 B3 230-324 aa PF02362 B3 425-518 aa

XP_057793885.1

525 aa

262

525

PF02362 B3 19-99 aa PF02362 B3 230-324 aa PF02362 B3 413-506 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793884.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	19	99	1.9e-50	169.7	B3 DNA binding domain
`XP_057793884.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	230	324	1.9e-50	169.7	B3 DNA binding domain
`XP_057793884.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	425	518	1.9e-50	169.7	B3 DNA binding domain
`XP_057793885.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	19	99	1.7e-50	169.9	B3 DNA binding domain
`XP_057793885.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	230	324	1.7e-50	169.9	B3 DNA binding domain
`XP_057793885.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	413	506	1.7e-50	169.9	B3 DNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937901.1
GTAATTGGTACCCTCAAAAAGATTGAAATGGTGGATCATCTGGTTTACCAAGGCCCTTGCGTTGCTACCCCCTCTCTCTATACACGCGCCTGGTTGTCGTCTGTTGTGACCCACGCAAACGATCACTTCATGGGCTCGCATTTATTTATGCTAAACAATTAGAAAGTTTTTTCTTCTTTATGCTACAAACCCTTCTCGTCAAATTCCAATTCGTTCACTCACCTATATTTGTCTGCTTTCTCGATTCCTTCATAACATCT...

XM_057937902.1
AAAAGATTGAAATGGTGGATCATCTGGTTTACCAAGGCCCTTGCGTTGCTACCCCCTCTCTCTATACACGCGCCTGGTTGTCGTCTGTTGTGACCCACGCAAACGATCACTTCATGGGCTCGCATTTATTTATGCTAAACAATTAGAAAGTTTTTTCTTCTTTATGCTACAAACCCTTCTCGTCAAATTCCAATTCGTTCACTCACCTATATTTGTCTGCTTTCTCGATTCCTTCATAACATCTTCTGAACTCTGAATTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131010401
ATGTGGAATCTGAGGAGGCCTCACTTTCTTCTGGGTTTTGACCCATCCTTTTGCTCTGAAAGACTGAACATACCATGTAACTTTGTAAAATATATGGAAGGAACAGCACCTGGGACAGCAGTTTTAGTAGGTCCTAGTGGGAATAGTTGGTTTGTCGATTTGATTCTGGTTGAAACCGGTTTGTTCCTCAATGATGGATGGGCTGATTTTGTGAAAGATCACTTTCTTGAACACGGTGATTCGATAGTTTTTAGGTATGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057793884.1
MWNLRRPHFLLGFDPSFCSERLNIPCNFVKYMEGTAPGTAVLVGPSGNSWFVDLILVETGLFLNDGWADFVKDHFLEHGDSIVFRYDGDSNFTLQIFDRSMCEKQAAFTAQSSQDVSRYDSNVVKKRERERSALLDSIIEGVPKKMRCSQLQSDSMCDAHENHTNLVNAEDWMQQADGNSNMKNAITVALPLAAVPRDYADRRTTNLDILLSASEAERIAQSFKSSFPSFLKVMKRFNISGSYTLNVPYQFATEHLPKCK...

XP_057793885.1
MWNLRRPHFLLGFDPSFCSERLNIPCNFVKYMEGTAPGTAVLVGPSGNSWFVDLILVETGLFLNDGWADFVKDHFLEHGDSIVFRYDGDSNFTLQIFDRSMCEKQAAFTAQSSQDVSRYDSNVVKKRERERSALLDSIIEGVPKKMRCSQLQSDSMCDAHENHTNLVNAEDWMQQADGNSNMKNAITVALPLAAVPRDYADRRTTNLDILLSASEAERIAQSFKSSFPSFLKVMKRFNISGSYTLNVPYQFATEHLPKCK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器