Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003472

染色体: Chr02 坐标: 56029282-56032281 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003472
名称SmilChr02G003472
描述outer envelope pore protein 24A, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向56029282 - 56032281 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010447
GeneID131010447
locus_tag-
NCBI NameLOC131010447
原始查询SmilChr02G003472

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述outer envelope pore protein 24A, chloroplastic
产物outer envelope pore protein 24A%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G45170 (AT1G45170)
outer envelope pore 24B-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841085]
identity=66.2; qcov=1; evalue=1.79e-110; confidence=high
RiceOs03g0855600 (OEP24)
-
identity=49.1; qcov=1.05; evalue=2.37e-69; confidence=high
GOGO:0022843 (voltage-gated monoatomic cation channel activity); GO:0034765 (regulation of monoatomic ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF28482 (OEP24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010447

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057793959.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057793959.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057793959.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793959.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793959.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:56029523 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,C82
Chr2:56031266 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C13
Chr2:56031392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr2:56031482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr2:56031483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr2:56031527 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr2:56031906 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793959.1
213 aa
N
1
106
213
OEP24
C
PF28482 OEP24 2-212 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793959.1 Pfam PF28482 OEP24 Family 2 212 3e-109 364.4 Outer envelope pore protein 24

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937976.1
TGAATGTCCTTTTTCGAGTACGAGTATATTTTAAAACGTAAACGAAGAATTTATTTTGTGAGAGTGGTTCGTGGTAACAAGTAAAAACAACGACTTTGGAAAATCCGAAACCAGTTGTAAGTTGTAACTCGTGCTGCATTTCTTGTACACTCTTTCTCTCATCAGTTGTCCAACAACCTAGAAAGCCCACCAAAGCGAAGAGAAACATCACCTCCCACCTAACTCAGCTAAATGATGAAGGCGTCGTTCAAGGCTAGATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010447
ATGATGAAGGCGTCGTTCAAGGCTAGATACGAGCCCGACAAAGCGGCCACCGCCGCCACCGTTTCCGTCAACGCCGGAGACTTCAAGCTTCGCGCCTCCCTCACCGATGCCACCGTCGTCAACGGCCCCAGCTTGAACGGCCTAGCTCTCGCCGTCGAGAAACCCGGCTTCTTCATCGTAGACTACAATGTTCCCAAAAAAGATATTAGGTTTCAGTTCATGAATAGTATTAGAGTGGCGGAGAAGCCGTTGAATTTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793959.1
MMKASFKARYEPDKAATAATVSVNAGDFKLRASLTDATVVNGPSLNGLALAVEKPGFFIVDYNVPKKDIRFQFMNSIRVAEKPLNLTYIHSKGEGRTILDGALVIDSGNKVSANHVLGTGNTRLKYTYVHGGLTTFEPSYDLGKNAWDFAVMRKVYGDDVFRATYQTSAKNLGLEWSRSSKQNGSFKIIASVNLAEEQKIPKICAETTWDFEM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器