当前解析结果
SmilChr02G003472| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003472 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003472 |
| 描述 | outer envelope pore protein 24A, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 56029282 - 56032281 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010447 |
|---|---|
| GeneID | 131010447 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010447 |
| 原始查询 | SmilChr02G003472 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | outer envelope pore protein 24A, chloroplastic |
| 产物 | outer envelope pore protein 24A%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT1G45170 (AT1G45170)outer envelope pore 24B-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841085] identity=66.2; qcov=1; evalue=1.79e-110; confidence=high |
| Rice | Os03g0855600 (OEP24)- identity=49.1; qcov=1.05; evalue=2.37e-69; confidence=high |
| GO | GO:0022843 (voltage-gated monoatomic cation channel activity); GO:0034765 (regulation of monoatomic ion transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28482 (OEP24) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010447 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057793959.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057793959.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.20000 | XP_057793959.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793959.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793959.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:56029523 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,C82 |
Chr2:56031266 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,C13 |
Chr2:56031392 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B110 |
Chr2:56031482 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr2:56031483 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr2:56031527 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr2:56031906 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B25 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793959.1PF28482
OEP24 2-212 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793959.1 |
Pfam | PF28482 |
OEP24 | Family | 2 | 212 | 3e-109 | 364.4 | Outer envelope pore protein 24 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。