当前解析结果
SmilChr02G003481| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003481 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003481 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G003481 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 56091337 - 56093015 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010455 |
|---|---|
| GeneID | 131010455 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010455 |
| 原始查询 | SmilChr02G003481 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | polyol transporter, putative (DUF1195) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829819]; symbol=AT4G36660; hit=AT4G36660; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | polyol transporter, putative (DUF1195) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829819]; symbol=AT4G36660; hit=AT4G36660; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT4G36660 (AT4G36660)polyol transporter, putative (DUF1195) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829819] identity=53.4; qcov=0.72; evalue=1.04e-42; confidence=medium |
| Rice | Os07g0607500- identity=45.1; qcov=0.67; evalue=1.81e-22; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06708 (DUF1195) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010455 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057793969.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.60000 | XP_057793969.1 |
| 3 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057793969.1 |
| 4 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057793969.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793969.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:56091399 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,B110,C48 |
Chr2:56092156 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr2:56092233 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B25,C8,C85 |
Chr2:56092263 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr2:56092723 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | A2,A24,B122,B71,B82,C60,C62,C78 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793969.1PF06708
DUF1195 19-155 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793969.1 |
Pfam | PF06708 |
DUF1195 | Family | 19 | 155 | 7.4e-54 | 182.2 | Protein of unknown function (DUF1195) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。