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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003490

染色体: Chr02 坐标: 56152577-56156394 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003490
名称SmilChr02G003490
描述uncharacterized protein At1g01500-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向56152577 - 56156394 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010459
GeneID131010459
locus_tag-
NCBI NameLOC131010459
原始查询SmilChr02G003490

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Erythronate-4-phosphate dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843855]; symbol=AT1G75180; hit=AT1G75180; species=arabidopsis; confidence=high
产物Erythronate-4-phosphate dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843855]; symbol=AT1G75180; hit=AT1G75180; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G75180 (AT1G75180)
Erythronate-4-phosphate dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843855]
identity=59.2; qcov=1.03; evalue=4.73e-123; confidence=high
RiceOs03g0775600
-
identity=59.3; qcov=0.949; evalue=1.25e-109; confidence=high
GOGO:0004617 (phosphoglycerate dehydrogenase activity)
KEGG-
PfamPF30490 (At1g01500_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010459

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057793971.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057793971.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793971.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793971.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793971.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:56152838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B27,C25
Chr2:56152887 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C48
Chr2:56154427 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,A9
Chr2:56154488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,C75,D1
Chr2:56154508 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B99
Chr2:56154559 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr2:56154752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:56154785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr2:56154799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr2:56154913 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793971.1
311 aa
N
1
156
311
At1g01500_N
C
PF30490 At1g01500_N 36-199 aa
XP_057793972.1
311 aa
N
1
156
311
At1g01500_N
C
PF30490 At1g01500_N 36-199 aa
XP_057793973.1
311 aa
N
1
156
311
At1g01500_N
C
PF30490 At1g01500_N 36-199 aa
XP_057793974.1
311 aa
N
1
156
311
At1g01500_N
C
PF30490 At1g01500_N 36-199 aa
XP_057793976.1
311 aa
N
1
156
311
At1g01500_N
C
PF30490 At1g01500_N 36-199 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793971.1 Pfam PF30490 At1g01500_N Domain 36 199 6.9e-83 277.0 At1g01500-like N-terminal domain
XP_057793972.1 Pfam PF30490 At1g01500_N Domain 36 199 6.9e-83 277.0 At1g01500-like N-terminal domain
XP_057793973.1 Pfam PF30490 At1g01500_N Domain 36 199 6.9e-83 277.0 At1g01500-like N-terminal domain
XP_057793974.1 Pfam PF30490 At1g01500_N Domain 36 199 6.9e-83 277.0 At1g01500-like N-terminal domain
XP_057793976.1 Pfam PF30490 At1g01500_N Domain 36 199 6.9e-83 277.0 At1g01500-like N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937990.1
CACCGACCTCGTACAATGCAAATCTTTTGGATAAGATCGATTGGAAGGATTAATCCCCCATCTCCATCAACACTGCTTCTCCTTAATTCTCAGCAACAAATAATCCAATCTATTTGCATGTATTTACATACGCATTCCACCTAGCTATTTCCCAATTAATATAATCAATTTAGCCTACTCTTAAGCCTTAAGCAGACTGGTCAAAAACACAATAAAATATTTACAGATATTTTAGTGTTCTGCTAATATAAAACTGCTCA...
XM_057937989.1
TTGTTTTGTGTCCAAAGAAGGGTGTCACAATATTTTATTTTCGGCCACAAAAAAACTAGAGGAGAATAAAAGCTCCCACTTGCAGCAGGAAAGCGATTTGAGGGATCATAGGCTGATTGGATTCCTTTTCTTGAAATTATTTTTAAGATTGTGATTTTCCATCAGCCCAGCAATTCTTCTTGTGTGTGCCAGATTTCATGGTAAGCTGTTGTCATCAAGTTTCAAGTGATTGTTGTCCTTTTCTTTTCCGACTTCTGTGA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131010459
ATGGAGAGTTCTTATGAATTTCATAGCAATGGTAATTTGAGTGATCATCAAGGCCTACAGATTATCCGGCATCCCTTGTATCAATCCGGCCAGTTTTCGTTGCATTGGTTCGATGCAAGAGTGTTCTATGTTAGAATCAGCAATTTCTTGGTTGATGATGCCACCCCAGAATGCCTCACCCTCAACCATGTCCCCGCCTCCCCGGACTCTGTCCTTGAAGTGAACGGAACAAGATGCTCGATGCAATCACAAGGGATCTC...
LOC131010459
ATGGAGAGTTCTTATGAATTTCATAGCAATGGTAATTTGAGTGATCATCAAGGCCTACAGATTATCCGGCATCCCTTGTATCAATCCGGCCAGTTTTCGTTGCATTGGTTCGATGCAAGAGTGTTCTATGTTAGAATCAGCAATTTCTTGGTTGATGATGCCACCCCAGAATGCCTCACCCTCAACCATGTCCCCGCCTCCCCGGACTCTGTCCTTGAAGTGAACGGAACAAGATGCTCGATGCAATCACAAGGGATCTC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057793971.1
MESSYEFHSNGNLSDHQGLQIIRHPLYQSGQFSLHWFDARVFYVRISNFLVDDATPECLTLNHVPASPDSVLEVNGTRCSMQSQGISCILRRDRVDKKSEEATFVSTDSIRFTGSVKFEVFDKDDLVISGVLEMSSSNGCVGESTNAARKWCMNCESVISAGTGFLKGKQIKDSESSSPTIEVYVAGTSSGTPVILTKSVQLNHRKKHRKGVLHSIPEYDASESHEDFASGNDLQLAEYNRYKAESDQEYDLYWRQTEYI...
XP_057793972.1
MESSYEFHSNGNLSDHQGLQIIRHPLYQSGQFSLHWFDARVFYVRISNFLVDDATPECLTLNHVPASPDSVLEVNGTRCSMQSQGISCILRRDRVDKKSEEATFVSTDSIRFTGSVKFEVFDKDDLVISGVLEMSSSNGCVGESTNAARKWCMNCESVISAGTGFLKGKQIKDSESSSPTIEVYVAGTSSGTPVILTKSVQLNHRKKHRKGVLHSIPEYDASESHEDFASGNDLQLAEYNRYKAESDQEYDLYWRQTEYI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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