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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003500

染色体: Chr02 坐标: 56206043-56210801 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003500
名称SmilChr02G003500
描述DUF21 domain-containing protein At1g47330-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向56206043 - 56210801 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010468
GeneID131010468
locus_tag-
NCBI NameLOC131010468
原始查询SmilChr02G003500

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DUF21 domain-containing protein At1g47330-like
产物DUF21 domain-containing protein At1g47330-like
ArabidopsisAT1G47330 (AT1G47330)
methyltransferase, putative (DUF21) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841136]
identity=65.9; qcov=1.08; evalue=1.42e-176; confidence=high
RiceOs03g0125800 (OsCBSDUF3)
-
identity=60.5; qcov=1.01; evalue=2.5e-148; confidence=high
GOGO:0010960 (magnesium ion homeostasis); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG-
PfamPF00571 (CBS); PF01595 (CNNM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010468

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057793984.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057793984.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793985.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793985.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793985.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:56206760 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 22 A16,A3,A4,A6,B13,B14,B20,B28,B38,B41,B52,B63,B81,B82,B98,C18,C20,C25,C50,C58,C64,D4
Chr2:56206812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C36
Chr2:56206818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr2:56206861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr2:56207039 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B24,B33,C48
Chr2:56207624 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,C49
Chr2:56207664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C71
Chr2:56208420 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C69
Chr2:56208420 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793984.1
434 aa
N
1
217
434
CNNM
CBS
C
PF01595 CNNM 18-188 aa PF00571 CBS 276-308 aa
XP_057793985.1
433 aa
N
1
216
433
CNNM
CBS
C
PF01595 CNNM 18-188 aa PF00571 CBS 276-308 aa
XP_057793987.1
378 aa
N
1
189
378
CNNM
CBS
C
PF01595 CNNM 6-133 aa PF00571 CBS 221-253 aa
XP_057793988.1
350 aa
N
1
175
350
CNNM
CBS
C
PF01595 CNNM 15-105 aa PF00571 CBS 193-225 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793984.1 Pfam PF01595 CNNM Domain 18 188 2e-34 119.6 Cyclin M transmembrane N-terminal domain
XP_057793984.1 Pfam PF00571 CBS Domain 276 308 1.2e-10 42.3 CBS domain
XP_057793985.1 Pfam PF01595 CNNM Domain 18 188 2e-34 119.5 Cyclin M transmembrane N-terminal domain
XP_057793985.1 Pfam PF00571 CBS Domain 276 308 1.2e-10 42.2 CBS domain
XP_057793987.1 Pfam PF01595 CNNM Domain 6 133 5e-26 92.2 Cyclin M transmembrane N-terminal domain
XP_057793987.1 Pfam PF00571 CBS Domain 221 253 7.5e-11 42.9 CBS domain
XP_057793988.1 Pfam PF01595 CNNM Domain 15 105 2.4e-18 67.2 Cyclin M transmembrane N-terminal domain
XP_057793988.1 Pfam PF00571 CBS Domain 193 225 6.8e-11 43.1 CBS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938002.1
AAATGTTAAAAAAAAGAAATAAGGCAAGAAGCTCAAGAAAACTCTTTGTAGCGAACACATAAGATTCACCACCAAAAGAGGTTGATTCGATTATTCTTGGGCTCCGAGCACCGACCACCAAATGAGTGCAAAATGCTGGAGTAACTTTTTCGAGAATAAAAAAAAATCAGGAATATAAAAGTGAAAGCTGAAAGTCGAGTAGGATGCAGACAGGCATATGAGCACGAAGTGCGAGATTTTGTTGACGAGGCCTATTTTTA...
XM_057938004.1
GAACACATAAGATTCACCACCAAAAGAGGTTGATTCGATTATTCTTGGGCTCCGAGCACCGACCACCAAATGAGTGCAAAATGCTGGAGTAACTTTTTCGAGAATAAAAAAAAATCAGGAATATAAAAGTGAAAGCTGAAAGTCGAGTAGGATGCAGACAGGCATATGAGCACGAAGTGCGAGATTTTGTTGACGAGGCCTATTTTTAGGAAGTGCGTGCCGGAAGATACACACACGCACAAACCCACTGAGTGTGTGTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131010468
ATGGCTGATGATGTGCCTTGTTGTGGTACCGAGTTTTTTCTGTTTGTGATGATTATCATAGGGCTGGTGTTGTTTGCTGGGTTGATGGCTGGTCTCACCCTCGGCCTCATGTCTCTTGGCCTTGTGGACCTCGAGGTTATCAGCAAATCAGGCCGCCCTCAAGATCGTAAACATGCCTCTAAAATACTTCCAGTGGTGAAAAATCAACACCTATTGCTTTGCACACTCTTGATTGGCAACTCTTTAGCAATGGAGTCGCT...
LOC131010468
ATGCCTGTACTGTCTAAAATACTTCCAGTGGTGAAAAATCAACACCTATTGCTTTGCACACTCTTGATTGGCAACTCTTTAGCAATGGAGTCGCTTCCCATATTCTTGGACAAGCTTGTGCCTCCATGGGCTGCGATCCTGGTATCGGTCACACTCATCCTCATGTTTGGCGAGATATTGCCTCAAGCAATTTGTACGCGTTATGGGTTAACCGTTGGAGCAACTGTGGCACCCTTTGTCCACCTTCTTCTTTGGGTGTT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057793984.1
MADDVPCCGTEFFLFVMIIIGLVLFAGLMAGLTLGLMSLGLVDLEVISKSGRPQDRKHASKILPVVKNQHLLLCTLLIGNSLAMESLPIFLDKLVPPWAAILVSVTLILMFGEILPQAICTRYGLTVGATVAPFVHLLLWVFFPIAYPISKILDWMLGKGHAALLRRAELKTFVDFHGNEAGKGGDLTHDETTIIAGALELTAKTAKDAMTSIAKAFSIDLDGTLNLETLNAIMTMGHSRVPVYYKNQNNIIGLILVKNL...
XP_057793985.1
MADDVPCCGTEFFLFVMIIIGLVLFAGLMAGLTLGLMSLGLVDLEVISKSGRPQDRKHASKILPVVKNQHLLLCTLLIGNSLAMESLPIFLDKLVPPWAAILVSVTLILMFGEILPQAICTRYGLTVGATVAPFVHLLLWVFFPIAYPISKILDWMLGKGHAALLRRAELKTFVDFHGNEAGKGGDLTHDETTIIAGALELTAKTAKDAMTSIAKAFSIDLDGTLNLETLNAIMTMGHSRVPVYYKNQNNIIGLILVKNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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