Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003505`

染色体: Chr02 坐标: 56240590-56243338 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003505`
名称	SmilChr02G003505
描述	uncharacterized SmilChr02G003505
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	56240590 - 56243338 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010471`
GeneID	`131010471`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010471`
原始查询	`SmilChr02G003505`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Leucine carboxyl methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834285]; symbol=AT5G42760; hit=AT5G42760; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Leucine carboxyl methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834285]; symbol=AT5G42760; hit=AT5G42760; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G42760` (AT5G42760) Leucine carboxyl methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834285] identity=64.3; qcov=0.962; evalue=2.01e-157; confidence=high
Rice	`Os03g0775000` - identity=56.6; qcov=0.884; evalue=1.11e-124; confidence=high
GO	GO:0008168 (methyltransferase activity); GO:0032259 (methylation)
KEGG	-
Pfam	PF04072 (LCM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010471

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057793992.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057793992.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057793992.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793992.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793992.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:56241294`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B122,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793992.1

344 aa

172

344

LCM

PF04072 LCM 54-238 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793992.1`	Pfam	`PF04072`	LCM	Family	54	238	1e-41	143.6	Leucine carboxyl methyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938009.1
ATTTTAGAGGTGGGAGCCGTTTTCAGCCACTTTATTCGCAACTAGGTGAAAGCAAAAGGACAAGTAAGAGAGGGAAAAAAAAAATGGGTTCCTCATAAAAGAAGAGGATATGAATTGGTGGTAATCGTGGACTCTTCATTACCTTCTCTTTCCCTACAAATAAAATGAGGTGAGGTTGGATACCTGAGCACCTTTCATAAGTGTTAATTCTGTGTGTGGCTCTCTTTCCTTATCCCCATCGACAATCACGACTATATCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010471
ATGCAGCATAACATGTCGAATGAGAATGATAACAATGTAAGTGTGTTTCCAGAGGACGAACCTTGGCCGGAGTTTAGGGTGCCCGAACTGCTGAGCACCGACACTCTGATAAGTCTTCATGCGACCATCACCAACGACTGGGATTTCCTGAGGCGATCAGCGTGCCAGACAGCAGCCGGACGAGCATTGTGGAAGCAGGTGATCCATGACCCGCTAGCTGAGCTATTTGCAGGCGAGACATTCCTGAAAACCATATACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793992.1
MQHNMSNENDNNVSVFPEDEPWPEFRVPELLSTDTLISLHATITNDWDFLRRSACQTAAGRALWKQVIHDPLAELFAGETFLKTIYEKIKKDRLRNAREISGVILAVRTLWFDSKLEAALSSHDGGGAQVVLLGAGMDARSHRLSCLKQSSVFEVDFPEVLQAKATILEAAATSRDEHHHPILTAKSLTRVAADLTEDDWLEKLQTSGYEPNKSTVWILEGILYYLSHTNAMKVLKIIAEKCNLTKTVLLADFMNKQATT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器