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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003508

染色体: Chr02 坐标: 56265476-56269078 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003508
名称SmilChr02G003508
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g16250
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向56265476 - 56269078 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010475
GeneID131010475
locus_tag-
NCBI NameLOC131010475
原始查询SmilChr02G003508

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g16250
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g16250
ArabidopsisAT2G16250 (AT2G16250)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816121]
identity=46.7; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0724300
-
identity=42; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010475

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057793999.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793999.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793999.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793999.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793999.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:56266320 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,B52
Chr2:56266354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B45
Chr2:56267069 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B13,C2,C20,C24
Chr2:56267072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,C47,C82
Chr2:56267509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,D11
Chr2:56267873 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr2:56267975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,C29,C47,C82
Chr2:56268088 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,C29,C47
Chr2:56268089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr2:56268261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr2:56268306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr2:56268428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,C29,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793999.1
839 aa
N
1
420
839
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 32-67 aa PF00560 LRR_1 127-149 aa PF00560 LRR_1 151-173 aa PF13855 LRR_8 151-210 aa PF00560 LRR_1 175-197 aa PF00560 LRR_1 199-218 aa PF00560 LRR_1 223-245 aa PF13855 LRR_8 223-282 aa PF00560 LRR_1 271-289 aa PF00069 Pkinase 472-740 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 474-742 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793999.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 32 67 6.1e-07 30.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057793999.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 127 149 9.2e-21 70.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793999.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 151 173 9.2e-21 70.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793999.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 151 210 2.4e-21 76.0 Leucine rich repeat
XP_057793999.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 175 197 9.2e-21 70.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793999.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 199 218 9.2e-21 70.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793999.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 223 245 9.2e-21 70.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793999.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 223 282 2.4e-21 76.0 Leucine rich repeat
XP_057793999.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 271 289 9.2e-21 70.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793999.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 472 740 2.3e-17 64.0 Protein kinase domain
XP_057793999.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 474 742 1.9e-19 70.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938016.1
AAATTTGGTGTATTTTATACTAATGAAATTATTTGGTAAAAGACATACTCATATTTTCCGCACGACTTATTTATAGGTTCCTTCCTTCCACCTCTTATCTAATTTAGCAGGAAGCTGCTCAGCACCACTCATCGCCGCCCGCCGCCACAACCTTCCGGCACTAAAAAAAAGCAGTCCGATCAAGCAAGCTGCTCGCTTCACCGCAGAAGAGTCAGCTCAGTCCTTTTTCCATTCATTACATTAAATAGCTCCCCTTCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010475
ATGGCACCACATCTCAAGCTTCCGCTATTACTGCTACCACTAGCCCTGCTGCTCAGCTCGGCGGCGGCTCAGCCCCCTCCACGGCTGACCTCCCCCACCGAGCGCCGGGCATTGCTCGATCTCCGCTCCTCGCTCGGAATCTCAGCTAAGAACTGGCATAAGAAGACCAATCCCTGTCTGAATTGGACGGGAATTGAGTGCCGAAACGGTCGCGTAACCGCGATTAAACTATCCGGTTTGAGGAGAAGTAACCAAGGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793999.1
MAPHLKLPLLLLPLALLLSSAAAQPPPRLTSPTERRALLDLRSSLGISAKNWHKKTNPCLNWTGIECRNGRVTAIKLSGLRRSNQGKKNPRFAVDSLQNFPFLSTLNSSGFLLPGQIPDWLGTKLSNLESLDLSSSSITGPIPLSLGSLSSLTWLNLSNNSITGNMPIALQKLQSLSVLDLSQNSLTGQIPEEISSLRNLTNLDLSSNYLSGAIPLDFVLLSKLKQLNLSRNSLSSSIPSQIANLSEMEQLDLGFNYLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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