Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003523

染色体: Chr02 坐标: 56400696-56404506 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003523
名称SmilChr02G003523
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g06400, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向56400696 - 56404506 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010488
GeneID131010488
locus_tag-
NCBI NameLOC131010488
原始查询SmilChr02G003523

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g06400, mitochondrial
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g06400%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G19520 (NFD5)
pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838538]
identity=47.9; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0611400 (OJ1004_A05.9)
-
identity=42.3; qcov=0.87; evalue=4.21e-172; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010488

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057794005.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794005.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794005.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794005.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794005.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:56401306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B45,B63,B72,C31
Chr2:56401342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,A7,B133,B38,C59
Chr2:56401778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,C18,C38,C45
Chr2:56402010 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr2:56402066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr2:56402070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr2:56402302 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,A7
Chr2:56403376 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B70
Chr2:56403376 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794005.1
731 aa
N
1
366
731
PPR
PPR_2
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR
TPR_24
PPR_long
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 395-423 aa PF13041 PPR_2 395-439 aa PF17177 PPR_long 404-518 aa PF13812 PPR_3 413-472 aa PF12854 PPR_1 421-451 aa PF01535 PPR 432-458 aa PF23276 TPR_24 440-558 aa PF17177 PPR_long 444-576 aa PF01535 PPR 465-493 aa PF13812 PPR_3 483-522 aa PF01535 PPR 499-521 aa PF01535 PPR 536-561 aa PF01535 PPR 605-633 aa PF01535 PPR 679-704 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794005.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 395 423 9.4e-34 114.0 PPR repeat
XP_057794005.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 395 439 9e-33 112.9 PPR repeat family
XP_057794005.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 404 518 2.6e-14 53.8 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057794005.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 413 472 1.7e-19 70.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057794005.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 421 451 1.4e-23 83.0 PPR repeat
XP_057794005.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 432 458 9.4e-34 114.0 PPR repeat
XP_057794005.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 440 558 8.3e-20 71.8 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057794005.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 444 576 2.6e-14 53.8 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057794005.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 465 493 9.4e-34 114.0 PPR repeat
XP_057794005.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 483 522 1.7e-19 70.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057794005.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 499 521 9.4e-34 114.0 PPR repeat
XP_057794005.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 536 561 9.4e-34 114.0 PPR repeat
XP_057794005.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 605 633 9.4e-34 114.0 PPR repeat
XP_057794005.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 679 704 9.4e-34 114.0 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096573.1
TAAGTTGTGGGACCATCCGCTTGAGTTGAGTGTTCTTCCCACTTGTCTTTCGGTACAACACACACAACCCTAGAGCACCCGCCGCTTGCTCTTGCTGGCCTGGGCCGCCTAGCTCGCCGCTGATAGGGTATTGTGCATTTCCTTTTCAATCACTAAGCAGGAAAATCACGTTGCTGTCATTTCCTGATGTCCTAGTTGCAATAGCTTTTTAAAGATCGGTGTCATTTTCAGTTGTCCGATATTCTTTTTCTCAAAAGCTA...
XM_057938022.1
ATACAAAGAGTGAGAAACAATGAAAATTTTGACAATAAGTTGTGGGACCATCCGCTTGAGTTGAGTGTTCTTCCCACTTGTCTTTCGGTACAACACACACAACCCTAGAGCACCCGCCGCTTGCTCTTGCTGGCCTGGGCCGCCTAGCTCGCCGCTGATAGGGTATTGTGCATTTCCTTTTCAATCACTAAGCAGGAAAATCACGTTGCTGTCATTTCCTGATGTCCTAGTTGCAATAGCTTTTTAAAGATCGGTGTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010488
ATGAATTGGAGGTGTTTCTTTAGCAAAAACACAGTCAACAAAATCTCGAAACTCAATGGTAGAGCATTCAACCAGCAATCATCTGCTTACAGATGCTTTGCAGCTGCTAGCATCTCCAGTCCCCCTATTCCTCATCCATTAGGACCTCACCATGGCTCATCCTTTTCAAACTGCCCTAAGCACAACAAAAGTGATAATCGGTTTTGTAGATGGATTCAAACTTGGGGGCAAGTTAAGTTAGATGATGACTCATCAAGTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794005.1
MNWRCFFSKNTVNKISKLNGRAFNQQSSAYRCFAAASISSPPIPHPLGPHHGSSFSNCPKHNKSDNRFCRWIQTWGQVKLDDDSSSHLECESEDDATMNEFLSRFVWLMRKKLTAAYPECDKDTINGMLVIIVENVVSEMEKGGLQQVTGRGASVPPQDFSEDLWRTVWDISNIVLQDMEKEKKKEKMKTFLQSEDVKEMYRFAGEVGIRGDMLRELRFKWARQKMEKSDFYESLERMRKGEAQNDSQEKDQWGEEDVAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器