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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003527

染色体: Chr02 坐标: 56422249-56426658 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003527
名称SmilChr02G003527
描述cycloeucalenol cycloisomerase-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向56422249 - 56426658 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010494
GeneID131010494
locus_tag-
NCBI NameLOC131010494
原始查询SmilChr02G003527

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog
描述cycloeucalenol cycloisomerase-like
产物cycloeucalenol cycloisomerase-like
ArabidopsisAT5G50375 (CPI1)
cyclopropyl isomerase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835105]
identity=80.5; qcov=0.975; evalue=7.58e-169; confidence=high
RiceOs11g0302500
-
identity=66.3; qcov=0.313; evalue=2.6e-37; confidence=low
GOGO:0047793 (cycloeucalenol cycloisomerase activity)
KEGGsmil00100 (Steroid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010494

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057794010.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057794010.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057794010.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794010.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794010.1

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EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:56422850 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr2:56422929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B35,B46,B54,C27,C28
Chr2:56424120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B104,C75,D9
Chr2:56425290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B101
Chr2:56425520 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938027.1
GTTTTATTAAAAAGTGAGCTATGTTTGGATAGTCTATAGATGCGCATGGTTATTAGTGGAGTGTCATTTATCGGCGCATAGTAGCAGTAGCAGTGATTTGCATCGCCCGGATCCATCCATCATTCAAAGTCCAGAATTGCAGACAGAAATGGGAGCTGGTGAGGTGGGTTGCTCGAGTTCAAATCTTTGGTTAGCTCAAAACCCCAGCAAAAGATGGGGTGAACTATTCTTTCTGATTTACACACCTTTCTGGCTCACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010494
ATGGGAGCTGGTGAGGTGGGTTGCTCGAGTTCAAATCTTTGGTTAGCTCAAAACCCCAGCAAAAGATGGGGTGAACTATTCTTTCTGATTTACACACCTTTCTGGCTCACTCTCTGCCTTGGCATTGTCGTTCCCTACAAACTCTATGAGAATTTCACAGAGTGGGAGTACCTGTTTCTGGGACTTGTTTCAGCATTGCCTGCTTTCATAATACCGATGATTTTTGTTGGAAAGGCAGATCGTAGCTTGTGTTGGAAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794010.1
MGAGEVGCSSSNLWLAQNPSKRWGELFFLIYTPFWLTLCLGIVVPYKLYENFTEWEYLFLGLVSALPAFIIPMIFVGKADRSLCWKDRYWVKASVWIILFSYVGNYFWTHYFFTVLGASYTFPSWRMNNVPHTTFLLTHVCFLFYHVSSNMTLRRIQHSIAHLPEKTQWLFKAAWILVLSYFVAYLETIAISNFPYYEFVDRASMYKVGCLFYAIYFFVSFPMFLRIDEKLSDDAWDLPRVAIDALGAAMLVTIILDLWR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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