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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003548

染色体: Chr02 坐标: 56620362-56627482 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003548
名称SmilChr02G003548
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH3-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向56620362 - 56627482 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010513
GeneID131010513
locus_tag-
NCBI NameLOC131010513
原始查询SmilChr02G003548

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH3-like
产物phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH3-like
ArabidopsisAT2G21540 (SFH3)
SEC14-like 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816693]
identity=61.1; qcov=1.01; evalue=2.27e-137; confidence=high
RiceOs10g0122600 (OsSNDP1)
-
identity=64.5; qcov=0.927; evalue=1.37e-132; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00650 (CRAL_TRIO); PF03765 (CRAL_TRIO_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010513

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057794036.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057794036.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057794038.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057794039.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794036.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:56627043 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B67,C38
Chr2:56627061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B32,B69,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794036.1
356 aa
N
1
178
356
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 99-120 aa PF00650 CRAL_TRIO 148-310 aa
XP_057794037.1
356 aa
N
1
178
356
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 99-120 aa PF00650 CRAL_TRIO 148-310 aa
XP_057794038.1
353 aa
N
1
176
353
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 96-117 aa PF00650 CRAL_TRIO 145-307 aa
XP_057794039.1
313 aa
N
1
156
313
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 99-120 aa PF00650 CRAL_TRIO 141-267 aa
XP_057794040.1
286 aa
N
1
143
286
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 29-50 aa PF00650 CRAL_TRIO 78-240 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794036.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 99 120 4.3e-06 27.5 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057794036.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 148 310 1.8e-30 106.5 CRAL/TRIO domain
XP_057794037.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 99 120 4.3e-06 27.5 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057794037.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 148 310 1.8e-30 106.5 CRAL/TRIO domain
XP_057794038.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 96 117 4.3e-06 27.5 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057794038.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 145 307 2e-30 106.4 CRAL/TRIO domain
XP_057794039.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 99 120 3.4e-06 27.8 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057794039.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 141 267 1e-23 84.5 CRAL/TRIO domain
XP_057794040.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 29 50 3.9e-06 27.7 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057794040.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 78 240 1.7e-30 106.6 CRAL/TRIO domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096581.1
AACTCATAAACATGACAATTAAACCTATCAGTAAAGTAGAACAAATACCCACTTTTTAAGTCGGCCAACAAAACATCAAATACAAGCGTATAAGAATTTATGATGCGTCATCCCACTATGATTTCCAAATGAAAATTTGAAATTACTTATTACATTCTTGGCAATTTACCTAAACGCATCAAATTTATCCATCGTGCAAGGAAAGGAAAGTAAAGTAGGCGTGGGCAGCATAAAACAGGTAGTAAAATCCAATGCTGCGG...
XR_009096580.1
CTCATAAACATGACAATTAAACCTATCAGTAAAGTAGAACAAATACCCACTTTTTAAGTCGGCCAACAAAACATCAAATACAAGCGTATAAGAATTTATGATGCGTCATCCCACTATGATTTCCAAATGAAAATTTGAAATTACTTATTACATTCTTGGCAATTTACCTAAACGCATCAAATTTATCCATCGTGCAAGGAAAGGAAAGTAAAGTAGGCGTGGGCAGCATAAAACAGGTAGTAAAATCCAATGCTGCGGCA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131010513
ATGTCCAACACCCTCGATCCACTCTCTGCCATCCGTTGCTCTAAGGATGATGAGTACAAACACAAATCAGATCCTGAGAACTTAGAGGAAAATATGAAATCTGGAGTTCTCAGAAAAGCAAAAAATGTATCTAGTAAGTTCAGGAGCTCTCTAAGAAACAAGATCAAGAGGAAAAATGATACTGGCATTTGTAACATTGAAGATATGCATGAAATCCAGGATCACAAGGCTGTCGATGCTTTTCGGCAGGCACTGGTAAT...
LOC131010513
ATGTCCAACACCCTCGATCCACTCTCTGCCATCCGTTGCTCTAAGGATGATGAGTACAAACACAAATCAGATCCTGAGAACTTAGAGGAAAATATGAAATCTGGAGTTCTCAGAAAAGCAAAAAATGTATCTAGTAAGTTCAGGAGCTCTCTAAGAAACAAGATCAAGAGGAAAAATGATACTGGCATTTGTAACATTGAAGATATGCATGAAATCCAGGATCACAAGGCTGTCGATGCTTTTCGGCAGGCACTGGTAAT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057794036.1
MSNTLDPLSAIRCSKDDEYKHKSDPENLEENMKSGVLRKAKNVSSKFRSSLRNKIKRKNDTGICNIEDMHEIQDHKAVDAFRQALVMDSLLPTRFDDYHVMLRFLKARKFNINKAKIMWANMLEWRKNFGADTIMEDFNFKELNEVQQYYPHGYHGVDKDGRPVYIERLGMIDVDMLLQVTNVDRFVKYQVQEFEKSLAIRFPACSVAANKHIDTSTTILDVQGLNLMSLTGPVVEFIKVVQKVDNDNYPETLSRMFIIN...
XP_057794037.1
MSNTLDPLSAIRCSKDDEYKHKSDPENLEENMKSGVLRKAKNVSSKFRSSLRNKIKRKNDTGICNIEDMHEIQDHKAVDAFRQALVMDSLLPTRFDDYHVMLRFLKARKFNINKAKIMWANMLEWRKNFGADTIMEDFNFKELNEVQQYYPHGYHGVDKDGRPVYIERLGMIDVDMLLQVTNVDRFVKYQVQEFEKSLAIRFPACSVAANKHIDTSTTILDVQGLNLMSLTGPVVEFIKVVQKVDNDNYPETLSRMFIIN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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