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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003551

染色体: Chr02 坐标: 56650319-56656078 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003551
名称SmilChr02G003551
描述polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向56650319 - 56656078 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010517
GeneID131010517
locus_tag-
NCBI NameLOC131010517
原始查询SmilChr02G003551

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase-like
产物polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase-like
ArabidopsisAT3G61130 (GAUT1)
galacturonosyltransferase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825285]
identity=74.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0531900
-
identity=76; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
GOGO:0047262 (polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase activity)
KEGGsmil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01501 (Glyco_transf_8); PF25557 (GAUT_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010517

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057794048.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057794048.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794048.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794048.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794048.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:56650755 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr2:56650794 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:56650815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,C50,C73
Chr2:56650905 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794048.1
684 aa
N
1
342
684
GAUT_1
Glyco_transf_8
C
PF25557 GAUT_1 222-298 aa PF01501 Glyco_transf_8 342-657 aa
XP_057794049.1
684 aa
N
1
342
684
GAUT_1
Glyco_transf_8
C
PF25557 GAUT_1 222-298 aa PF01501 Glyco_transf_8 342-657 aa
XP_057794050.1
684 aa
N
1
342
684
GAUT_1
Glyco_transf_8
C
PF25557 GAUT_1 222-298 aa PF01501 Glyco_transf_8 342-657 aa
XP_057794051.1
683 aa
N
1
342
683
GAUT_1
Glyco_transf_8
C
PF25557 GAUT_1 221-297 aa PF01501 Glyco_transf_8 341-656 aa
XP_057794052.1
683 aa
N
1
342
683
GAUT_1
Glyco_transf_8
C
PF25557 GAUT_1 221-297 aa PF01501 Glyco_transf_8 341-656 aa
XP_057794053.1
683 aa
N
1
342
683
GAUT_1
Glyco_transf_8
C
PF25557 GAUT_1 221-297 aa PF01501 Glyco_transf_8 341-656 aa
XP_057794054.1
683 aa
N
1
342
683
GAUT_1
Glyco_transf_8
C
PF25557 GAUT_1 221-297 aa PF01501 Glyco_transf_8 341-656 aa
XP_057794055.1
682 aa
N
1
341
682
GAUT_1
Glyco_transf_8
C
PF25557 GAUT_1 220-296 aa PF01501 Glyco_transf_8 340-655 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794048.1 Pfam PF25557 GAUT_1 Domain 222 298 1.3e-31 109.3 Galacturonosyltransferase domain 1
XP_057794048.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 342 657 5.5e-85 285.7 Glycosyl transferase family 8
XP_057794049.1 Pfam PF25557 GAUT_1 Domain 222 298 1.3e-31 109.3 Galacturonosyltransferase domain 1
XP_057794049.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 342 657 5.5e-85 285.7 Glycosyl transferase family 8
XP_057794050.1 Pfam PF25557 GAUT_1 Domain 222 298 1.3e-31 109.3 Galacturonosyltransferase domain 1
XP_057794050.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 342 657 5.5e-85 285.7 Glycosyl transferase family 8
XP_057794051.1 Pfam PF25557 GAUT_1 Domain 221 297 1.3e-31 109.3 Galacturonosyltransferase domain 1
XP_057794051.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 341 656 5.5e-85 285.7 Glycosyl transferase family 8
XP_057794052.1 Pfam PF25557 GAUT_1 Domain 221 297 1.3e-31 109.3 Galacturonosyltransferase domain 1
XP_057794052.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 341 656 5.5e-85 285.7 Glycosyl transferase family 8
XP_057794053.1 Pfam PF25557 GAUT_1 Domain 221 297 1.3e-31 109.3 Galacturonosyltransferase domain 1
XP_057794053.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 341 656 5.5e-85 285.7 Glycosyl transferase family 8
XP_057794054.1 Pfam PF25557 GAUT_1 Domain 221 297 1.3e-31 109.3 Galacturonosyltransferase domain 1
XP_057794054.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 341 656 5.5e-85 285.7 Glycosyl transferase family 8
XP_057794055.1 Pfam PF25557 GAUT_1 Domain 220 296 1.3e-31 109.3 Galacturonosyltransferase domain 1
XP_057794055.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 340 655 5.5e-85 285.7 Glycosyl transferase family 8

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938072.1
TGCTATACTAAATCAATACAAATTAATTAAAAAGGAAATGGTTTGCTGCATACCCGATCCGACCCGGATATCCAGATCGTTCTTCAACGAATCAAAACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACGCACAAGCGGCACAGGAAAAGCAAAAATCCACGTAGATTCACGCTTTACTGTGTGTTCTCGTGAATCCAGATTTACACATTGACGCTTAATTATGAACTTCAATCAAGTAGCCTGAACGATAATCGGAGAT...
XM_057938070.1
TGCTATACTAAATCAATACAAATTAATTAAAAAGGAAATGGTTTGCTGCATACCCGATCCGACCCGGATATCCAGATCGTTCTTCAACGAATCAAAACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACGCACAAGCGGCACAGGAAAAGCAAAAATCCACGTAGATTCACGCTTTACTGTGTGTTCTCGTGAATCCAGATTTACACATTGACGCTTAATTATGAACTTCAATCAAGTAGCCTGAACGATAATCGGAGAT...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131010517
ATGGCGATTAAGAGGGGATCACAATCCGGCGGCGGTAAGAGTAAAGGCATTGGATCTCGCGTCTTCGCTTCCATCCTCGTGTTTTTCCTCACATTTCTCGCCTTATCCTTTCTATTCGTCGGCCGCGGCCTTTTCGTCGCCGCTTCTTCCGGTCAAAATGAATTATCAATCGTTTCCAGCAGACAGGATTTAAATTGGAGAGAGAGGCTGGCATTGCAACATCTTAATTCTTTATTCTCGAAAGATGTAATTGACGTTAT...
LOC131010517
ATGGCGATTAAGAGGGGATCACAATCCGGCGGCGGTAAGAGTAAAGGCATTGGATCTCGCGTCTTCGCTTCCATCCTCGTGTTTTTCCTCACATTTCTCGCCTTATCCTTTCTATTCGTCGGCCGCGGCCTTTTCGTCGCCGCTTCTTCCGGTCAAAATGAATTATCAATCGTTTCCAGCAGACAGGATTTAAATTGGAGAGAGAGGCTGGCATTGCAACATCTTAATTCTTTATTCTCGAAAGATGTAATTGACGTTAT...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057794048.1
MAIKRGSQSGGGKSKGIGSRVFASILVFFLTFLALSFLFVGRGLFVAASSGQNELSIVSSRQQDLNWRERLALQHLNSLFSKDVIDVINASTNDLGPLNIDFFRKDKLSASWKVVGHKTSADNVTSAEATGEALKTKQETSRVKEEHTSNEDNSVFFETPAKLARRQLREKRREKRAADMVKQDDEVTVKLENAAIERSKSVDSAVLGKYSIWRKENDNENTDSTVRLIRDQMIMARVYISLARMKNKTDLANELQNRLK...
XP_057794049.1
MAIKRGSQSGGGKSKGIGSRVFASILVFFLTFLALSFLFVGRGLFVAASSGQNELSIVSSRQQDLNWRERLALQHLNSLFSKDVIDVINASTNDLGPLNIDFFRKDKLSASWKVVGHKTSADNVTSAEATGEALKTKQETSRVKEEHTSNEDNSVFFETPAKLARRQLREKRREKRAADMVKQDDEVTVKLENAAIERSKSVDSAVLGKYSIWRKENDNENTDSTVRLIRDQMIMARVYISLARMKNKTDLANELQNRLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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