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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003552

染色体: Chr02 坐标: 56694510-56699463 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003552
名称SmilChr02G003552
描述S-adenosyl-L-methionine-dependent tRNA 4-demethylwyosine synthase
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向56694510 - 56699463 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010520
GeneID131010520
locus_tag-
NCBI NameLOC131010520
原始查询SmilChr02G003552

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述S-adenosyl-L-methionine-dependent tRNA 4-demethylwyosine synthase
产物S-adenosyl-L-methionine-dependent tRNA 4-demethylwyosine synthase
ArabidopsisAT1G75200 (AT1G75200)
flavodoxin family protein / radical SAM domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843857]
identity=69; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0775300
-
identity=72.6; qcov=0.756; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003824 (catalytic activity); GO:0010181 (FMN binding); GO:0031591 (wybutosine biosynthetic process); GO:0051539 (4 iron, 4 sulfur cluster binding)
KEGG-
PfamPF00258 (Flavodoxin_1); PF04055 (Radical_SAM); PF08608 (Wyosine_form)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010520

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057794057.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057794057.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057794057.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794057.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794057.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:56694975 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B140,B95,C14,C17
Chr2:56695014 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B44,B55,C70
Chr2:56695210 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,D1
Chr2:56695385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr2:56695588 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr2:56696680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr2:56696974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr2:56697825 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr2:56697861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr2:56697867 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,C75,D1
Chr2:56698485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr2:56698541 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794057.1
647 aa
N
1
324
647
Flavodoxin_1
Radical_SAM
Wyosine_form
C
PF00258 Flavodoxin_1 54-195 aa PF04055 Radical_SAM 335-507 aa PF08608 Wyosine_form 516-579 aa
XP_057794059.1
647 aa
N
1
324
647
Flavodoxin_1
Radical_SAM
Wyosine_form
C
PF00258 Flavodoxin_1 54-195 aa PF04055 Radical_SAM 335-507 aa PF08608 Wyosine_form 516-579 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794057.1 Pfam PF00258 Flavodoxin_1 Domain 54 195 2.1e-21 77.3 Flavodoxin
XP_057794057.1 Pfam PF04055 Radical_SAM Domain 335 507 2.2e-15 58.0 Radical SAM superfamily
XP_057794057.1 Pfam PF08608 Wyosine_form Family 516 579 2.4e-24 86.1 Wyosine base formation
XP_057794059.1 Pfam PF00258 Flavodoxin_1 Domain 54 195 2.1e-21 77.3 Flavodoxin
XP_057794059.1 Pfam PF04055 Radical_SAM Domain 335 507 2.2e-15 58.0 Radical SAM superfamily
XP_057794059.1 Pfam PF08608 Wyosine_form Family 516 579 2.4e-24 86.1 Wyosine base formation

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938074.1
GAAGGTGGAGGCCTCAAATCTTGTGTAACCTATGTAGCATCGACAACCAATTGGGCGCAAAACCCCGCAAACTATTCCAAAACCTCAGTTGGAAGCATCAGCTGCAAATGCCGCTTTCAATTCCCCAAACAATTTGAAGTTGAACACCATGTCCCCGTCCGCTCGCCTCACTCTCCTTTCTCTCCTTTCTGCCACCGCTACCCTCTACTTCCTCTACAAATCCCGCAATCGCCAACGCCGCCTCCTCACGCACCTCCGCC...
XM_057938076.1
GGAGGCCTCAAATCTTGTGTAACCTATGTAGCATCGACAACCAATTGGGCGCAAAACCCCGCAAACTATTCCAAAACCTCAGTTGGAAGCATCAGCTGCAAATGCCGCTTTCAATTCCCCAAACAATTTGAAGTTGAACACCATGTCCCCGTCCGCTCGCCTCACTCTCCTTTCTCTCCTTTCTGCCACCGCTACCCTCTACTTCCTCTACAAATCCCGCAATCGCCAACGCCGCCTCCTCACGCACCTCCGCCGCGCCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131010520
ATGTCCCCGTCCGCTCGCCTCACTCTCCTTTCTCTCCTTTCTGCCACCGCTACCCTCTACTTCCTCTACAAATCCCGCAATCGCCAACGCCGCCTCCTCACGCACCTCCGCCGCGCCGTCGTTGGAACCCACTGCCACGCTCCTCCCAAGAGAGGCAAACTCTTCTTCTTATCACAGACCAACACTTCCAAAGTCCTCGCGCAGCGCCTCCACGCTCTCTTGACCCTCAACGACATCCCTTTTGATCTTGTCGACCCCAA...
LOC131010520
ATGTCCCCGTCCGCTCGCCTCACTCTCCTTTCTCTCCTTTCTGCCACCGCTACCCTCTACTTCCTCTACAAATCCCGCAATCGCCAACGCCGCCTCCTCACGCACCTCCGCCGCGCCGTCGTTGGAACCCACTGCCACGCTCCTCCCAAGAGAGGCAAACTCTTCTTCTTATCACAGACCAACACTTCCAAAGTCCTCGCGCAGCGCCTCCACGCTCTCTTGACCCTCAACGACATCCCTTTTGATCTTGTCGACCCCAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057794057.1
MSPSARLTLLSLLSATATLYFLYKSRNRQRRLLTHLRRAVVGTHCHAPPKRGKLFFLSQTNTSKVLAQRLHALLTLNDIPFDLVDPKDYEPEDLCKETLVLVVASTWDNGGPPHDGAFLVNWLAESADDFRVGALVLKDCRFAVFGVGSGSYGETFNAVARDVAAKLRKLGGRELVELEEGDVDLGDLNGVFDRWSQKILEVLNGNLKENEQGLENYVVESESEGDFSEEDDDEVEESDVVDLEDIAGKGPSRRSAVAAK...
XP_057794059.1
MSPSARLTLLSLLSATATLYFLYKSRNRQRRLLTHLRRAVVGTHCHAPPKRGKLFFLSQTNTSKVLAQRLHALLTLNDIPFDLVDPKDYEPEDLCKETLVLVVASTWDNGGPPHDGAFLVNWLAESADDFRVGALVLKDCRFAVFGVGSGSYGETFNAVARDVAAKLRKLGGRELVELEEGDVDLGDLNGVFDRWSQKILEVLNGNLKENEQGLENYVVESESEGDFSEEDDDEVEESDVVDLEDIAGKGPSRRSAVAAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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