Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003579`

染色体: Chr02 坐标: 56962213-56966574 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003579`
名称	SmilChr02G003579
描述	cycloeucalenol cycloisomerase-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	56962213 - 56966574 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010544`
GeneID	`131010544`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010544`
原始查询	`SmilChr02G003579`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cycloeucalenol cycloisomerase-like
产物	cycloeucalenol cycloisomerase-like
Arabidopsis	`AT5G50375` (CPI1) cyclopropyl isomerase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835105] identity=80.5; qcov=0.975; evalue=7.58e-169; confidence=high
Rice	`Os11g0302500` - identity=66.3; qcov=0.313; evalue=2.6e-37; confidence=low
GO	GO:0047793 (cycloeucalenol cycloisomerase activity)
KEGG	smil00100 (Steroid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010544

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057794084.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057794084.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057794084.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794084.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794084.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:56964064`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,C75,D1,D9
`Chr2:56965145`	`AGC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	24	A18,B119,B129,B132,B140,B28,B29,B36,B39,B41,B59,B77,B91,C16,C18,C29,C31,C34,C35,C54,C70,C73,C82,D2
`Chr2:56965150`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	24	A18,B119,B129,B132,B140,B28,B29,B36,B39,B41,B59,B77,B91,C16,C18,C29,C31,C34,C35,C54,C70,C73,C82,D2
`Chr2:56965160`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B91,C82
`Chr2:56965464`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr2:56965689`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B66,C31,C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938101.1
TGTTTGGATAGTCTATAGATGCGCATGGTTATTAGTGGAGTGTCATTTATCGGCGCATAGTAGCAGTAGCAGTGATTTGCATCGCCCGGATCCATCCATCATTCAAAGTCCAGAATTGCAGACAGAAATGGGAGCTGGTGAGGTGGGTTGCTCGAGTTCAAATCTTTGGTTAGCTCAAAACCCCAGCAAAAGATGGGGTGAACTATTCTTTCTGATTTACACACCTTTCTGGCTCACTCTCTGCCTTGGCATTGTCGTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010544
ATGGGAGCTGGTGAGGTGGGTTGCTCGAGTTCAAATCTTTGGTTAGCTCAAAACCCCAGCAAAAGATGGGGTGAACTATTCTTTCTGATTTACACACCTTTCTGGCTCACTCTCTGCCTTGGCATTGTCGTTCCCTACAAACTCTATGAGAATTTCACAGAGTGGGAGTACCTGTTTCTGGGACTTGTTTCAGCATTGCCTGCTTTCATAATACCGATGATTTTTGTTGGAAAGGCAGATCGTAGCTTGTGTTGGAAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794084.1
MGAGEVGCSSSNLWLAQNPSKRWGELFFLIYTPFWLTLCLGIVVPYKLYENFTEWEYLFLGLVSALPAFIIPMIFVGKADRSLCWKDRYWVKASVWIILFSYVGNYFWTHYFFTVLGASYTFPSWRMNNVPHTTFLLTHVCFLFYHVSSNMTLRRIQHSIAHLPEKTQWLFKAAWILVLSYFVAYLETIAISNFPYYEFVDRASMYKVGCLFYAIYFFVSFPMFLRIDEKLSDDAWDLPRVAIDALGAAMLVTIILDLWR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器