当前解析结果
SmilChr02G003623| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003623 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003623 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G003623 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 57530943 - 57535126 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009794 |
|---|---|
| GeneID | 131009794 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009794 |
| 原始查询 | SmilChr02G003623 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF09331 (DUF1985) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009794 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057793184.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057793184.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057793184.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057793184.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057793184.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:57530944 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B124 |
Chr2:57530944 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B124 |
Chr2:57530953 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr2:57532427 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B21,B65,C47 |
Chr2:57532480 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr2:57532485 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr2:57532513 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C67,C78 |
Chr2:57532527 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C69,D4 |
Chr2:57532538 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B124,B22 |
Chr2:57532548 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B52,B61,D11 |
Chr2:57532624 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B21,D9 |
Chr2:57532624 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B21,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793184.1PF09331
DUF1985 86-216 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793184.1 |
Pfam | PF09331 |
DUF1985 | Family | 86 | 216 | 2.3e-13 | 51.0 | Domain of unknown function (DUF1985) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。