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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003640

染色体: Chr02 坐标: 57756494-57760991 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003640
名称SmilChr02G003640
描述uncharacterized SmilChr02G003640
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向57756494 - 57760991 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010598
GeneID131010598
locus_tag-
NCBI NameLOC131010598
原始查询SmilChr02G003640

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843136]; symbol=AT1G68080; hit=AT1G68080; species=arabidopsis; confidence=high
产物2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843136]; symbol=AT1G68080; hit=AT1G68080; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G68080 (AT1G68080)
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843136]
identity=55; qcov=1.04; evalue=2.24e-135; confidence=high
RiceOs03g0238700
-
identity=48.5; qcov=0.79; evalue=9.83e-97; confidence=high
GOGO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0031418 (L-ascorbic acid binding); GO:0032963 (collagen metabolic process)
KEGG-
PfamPF13640 (2OG-FeII_Oxy_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010598

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057794176.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057794176.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057794177.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794176.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794176.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:57756787 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr2:57756864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,B96,C36,D11
Chr2:57756929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr2:57757116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,C49,D8
Chr2:57757157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:57757158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,C49,D8
Chr2:57757301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C70,C86
Chr2:57757337 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 D11
Chr2:57757337 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 D11
Chr2:57759769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B14,B73,C1,C83
Chr2:57759792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr2:57760431 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794176.1
431 aa
N
1
216
431
2OG-FeII_Oxy_3
C
PF13640 2OG-FeII_Oxy_3 141-206 aa
XP_057794178.1
398 aa
N
1
199
398
2OG-FeII_Oxy_3
C
PF13640 2OG-FeII_Oxy_3 91-173 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794176.1 Pfam PF13640 2OG-FeII_Oxy_3 Domain 141 206 7.1e-08 34.0 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057794178.1 Pfam PF13640 2OG-FeII_Oxy_3 Domain 91 173 4.7e-12 47.4 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938195.1
GCATTGTAACCGATCTGTTCGGTCAATTTTTTTCATTGCAATTCGACTTTTGCACACCAGATTAAACACATACGGTGAAATGCAAATAGCTGTTTAGCGTATCATACATTTACAAATCAATACTTCAAGAGTAATTTGTTAAGTTGGATAACAATCGAAGAGAAGTTGTAATTCTCTTGTTTTCCCTTGATTGGGAGTTGCAATCTCATTATGACTGTAACTGTTACTGCTTGAATTAAGTTTGAGGATGGAATGTTGTT...
XM_057938196.1
ATTGCAATTCGACTTTTGCACACCAGATTAAACACATACGGTGAAATGCAAATAGCTGTTTAGCGTATCATACATTTACAAATCAATACTTCAAGAGTAATTTGTTAAGTTGGATAACAATCGAAGAGAAGTTGTAATTCTCTTGTTTTCCCTTGATTGGGAGTTGCAATCTCATTATGACTGTAACTGTTACTGCTTGAATTAAGTTTGAGGATGGAATGTTGTTGAATTTAGTTCAGAGTTGAGGGCATTTCGGAAAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131010598
ATGGCGGAGCGCCGCCGGCTAATCCTTAGGAATTTCCTCTCACCGGAAATCTGCAAGGAATTGGAGTTCATACACAAAAGCTGTTGCACAATTGGGTACAGGCCCAATGTCTTCTCCACCACTCTCTCCCATCTCATCGCCACCAACTCTCCCCATCTCATCATGCCCTTCGTCCCCATTCGAGAGAGGTTGAAGGAAAAAGTGGAGGAATATTTTGGATGTGAGTACGAATTGTTTGTGGAGTTCACTGGGCTCATTAG...
LOC131010598
ATGGCGGAGCGCCGCCGGCTAATCCTTAGGAATTTCCTCTCACCGGAAATCTGCAAGGAATTGGAGTTCATACACAAAAGCTGTTGCACAATTGGGTACAGGCCCAATGTCTTCTCCACCACTCTCTCCCATCTCATCGCCACCAACTCTCCCCATCTCATCATGCCCTTCGTCCCCATTCGAGAGAGGTTGAAGGAAAAAGTGGAGGAATATTTTGGATGTGAGTACGAATTGTTTGTGGAGTTCACTGGGCTCATTAG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057794176.1
MAERRRLILRNFLSPEICKELEFIHKSCCTIGYRPNVFSTTLSHLIATNSPHLIMPFVPIRERLKEKVEEYFGCEYELFVEFTGLISWCKGASIGWHSDDNRDHLKQRDFSSCWKSTYNEFGNRLSCISDSTLCLGTIAYTEVKAVCYLNNYEVDFLGGLFHFQDGEPSTIAPMAGDVVIYTADERNIHSVSEISEGERITLALWFSRDASHDEDANLLKSLSNCSLSSHICSIASCFPMLASSNMYWFPPEEASRFQTG...
XP_057794177.1
MAERRRLILRNFLSPEICKELEFIHKSCCTIGYRPNVFSTTLSHLIATNSPHLIMPFVPIRERLKEKVEEYFGCEYELFVEFTGLISWCKGASIGWHSDDNRDHLKQRDFSSCWKSTYNEFGNRLSCISDSTLCLGTIAYTEVKAVCYLNNYEVDFLGGLFHFQDGEPSTIAPMAGISEGERITLALWFSRDASHDEDANLLKSLSNCSLSSHICSIASCFPMLASSNMYWFPPEEASRFQTGFNICSARLYTLGFNVCF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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