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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003652

染色体: Chr02 坐标: 57908011-57912785 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003652
名称SmilChr02G003652
描述uncharacterized SmilChr02G003652
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向57908011 - 57912785 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010609
GeneID131010609
locus_tag-
NCBI NameLOC131010609
原始查询SmilChr02G003652

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0554100; species=rice; confidence=high
产物hit=Os08g0554100; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT1G09890 (AT1G09890)
Rhamnogalacturonate lyase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837521]
identity=69.3; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0554100
-
identity=66.1; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003824 (catalytic activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG-
PfamPF06045 (Rhamnogal_lyase); PF14683 (CBM-like); PF14686 (fn3_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010609

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057794197.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057794199.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794197.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794197.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794197.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:57908280 CTA C 2bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr2:57908280 CTA C 2bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr2:57908289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:57908307 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B94
Chr2:57908331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A13,B117,C3,C53
Chr2:57908343 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A20,B79,C43
Chr2:57908372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr2:57908376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr2:57908385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C36,D6
Chr2:57908453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr2:57908596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B24,B33,C48
Chr2:57908647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794197.1
677 aa
N
1
338
677
Rhamnogal_lyase
fn3_3
CBM-like
C
PF06045 Rhamnogal_lyase 46-241 aa PF14686 fn3_3 395-467 aa PF14683 CBM-like 481-669 aa
XP_057794198.1
674 aa
N
1
337
674
Rhamnogal_lyase
fn3_3
CBM-like
C
PF06045 Rhamnogal_lyase 43-238 aa PF14686 fn3_3 392-464 aa PF14683 CBM-like 478-666 aa
XP_057794199.1
668 aa
N
1
334
668
Rhamnogal_lyase
fn3_3
CBM-like
C
PF06045 Rhamnogal_lyase 37-232 aa PF14686 fn3_3 386-458 aa PF14683 CBM-like 472-660 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794197.1 Pfam PF06045 Rhamnogal_lyase Family 46 241 7.6e-92 307.2 Rhamnogalacturonate lyase family
XP_057794197.1 Pfam PF14686 fn3_3 Domain 395 467 1.3e-27 96.1 Polysaccharide lyase family 4, domain II
XP_057794197.1 Pfam PF14683 CBM-like Domain 481 669 1.6e-53 181.6 Polysaccharide lyase family 4, domain III
XP_057794198.1 Pfam PF06045 Rhamnogal_lyase Family 43 238 7.6e-92 307.2 Rhamnogalacturonate lyase family
XP_057794198.1 Pfam PF14686 fn3_3 Domain 392 464 1.3e-27 96.1 Polysaccharide lyase family 4, domain II
XP_057794198.1 Pfam PF14683 CBM-like Domain 478 666 1.5e-53 181.6 Polysaccharide lyase family 4, domain III
XP_057794199.1 Pfam PF06045 Rhamnogal_lyase Family 37 232 7.4e-92 307.2 Rhamnogalacturonate lyase family
XP_057794199.1 Pfam PF14686 fn3_3 Domain 386 458 1.2e-27 96.2 Polysaccharide lyase family 4, domain II
XP_057794199.1 Pfam PF14683 CBM-like Domain 472 660 1.5e-53 181.7 Polysaccharide lyase family 4, domain III

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938214.1
TGATGGAAGAAGACTGTGTTAGTTGGTTGATAAGTGATAATATAATAAATGTTGGCGGTTGTTAAAGTGGGAGTCTGAGTTTCCAAAGAGAGCACTAGTTGAGGAAGACCAATAACCAAATCTGTAAAAATAAAAACACCCACTCACACTAATTCAAAGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCCTATTTTATACAAGAAGTCGGCGAAGCGAAATGGGGGGCGGTCGAAACAAAATTAAGCAAACAATCAAGAAACTTTGGAG...
XM_057938215.1
TTCAAAGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCCTATTTTATACAAGAAGTCGGCGAAGCGAAATGGGGGGCGGTCGAAACAAAATTAAGCAAACAATCAAGAAACTTTGGAGATGTGCGTGTCGGGACAATCCTACACCTACAGAAGCTTGTGGAGCCGGAGTCATGCCGCCTATAGGTGTTCGTTGGTATATGCAAGATAATCACGTGGTTCTGGATAATGGCATACTCCAAGTCACATTATCGAATCCAGATGGCATTGTCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131010609
ATGGGGGGCGGTCGAAACAAAATTAAGCAAACAATCAAGAAACTTTGGAGATGTGCGTGTCGGGACAATCCTACACCTACAGAAGCTTGTGGAGCCGGAGTCATGCCGCCTATAGGTGTTCGTTGGTATATGCAAGATAATCACGTGGTTCTGGATAATGGCATACTCCAAGTCACATTATCGAATCCAGATGGCATTGTCACAGGAGTGTGTTATAACGGCATTGACAATTTGCTAGAAGTTCTCAACGATGAGAGTAA...
LOC131010609
ATGGGGGGCGGTCGAAACAAAATTAAGCAAACAATCAAGAAACTTTGGAGATGTGCGTGTCGGGACAATCCTACACCTACAGGGACTGCAGAAGCTTGTGGAGCCGGAGTCATGCCGCCTATAGGTGTTCGTTGGTATATGCAAGATAATCACGTGGTTCTGGATAATGGCATACTCCAAGTCACATTATCGAATCCAGATGGCATTGTCACAGGAGTGTGTTATAACGGCATTGACAATTTGCTAGAAGTTCTCAACGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057794197.1
MGGGRNKIKQTIKKLWRCACRDNPTPTGTAEACGAGVMPPIGVRWYMQDNHVVLDNGILQVTLSNPDGIVTGVCYNGIDNLLEVLNDESNRGYWDVVWNALDGSRTGVFEVIKATTFKVIKDTEDQVEVSFSRPWDPSLQGKLIPLNIDKRFVLLRGCSGFYTYAIYEHVGSAEWPAFSLGETRIAFKLRKEKFHYMAIADNRRRFMPLPEDRLPGRGQPLAYPEAVLLINPVEPELKGEVDDKYQYSCDNKDLKVHGWI...
XP_057794198.1
MGGGRNKIKQTIKKLWRCACRDNPTPTEACGAGVMPPIGVRWYMQDNHVVLDNGILQVTLSNPDGIVTGVCYNGIDNLLEVLNDESNRGYWDVVWNALDGSRTGVFEVIKATTFKVIKDTEDQVEVSFSRPWDPSLQGKLIPLNIDKRFVLLRGCSGFYTYAIYEHVGSAEWPAFSLGETRIAFKLRKEKFHYMAIADNRRRFMPLPEDRLPGRGQPLAYPEAVLLINPVEPELKGEVDDKYQYSCDNKDLKVHGWISMN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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