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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003655

染色体: Chr02 坐标: 57938711-57941795 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003655
名称SmilChr02G003655
描述mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17-2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向57938711 - 57941795 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010612
GeneID131010612
locus_tag-
NCBI NameLOC131010612
原始查询SmilChr02G003655

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17-2-like
产物mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17-2-like
ArabidopsisAT2G37410 (TIM17-2)
translocase inner membrane subunit 17-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818317]
identity=62.4; qcov=1.08; evalue=5.92e-89; confidence=high
RiceOs07g0604500
-
identity=63.7; qcov=0.996; evalue=5.23e-84; confidence=high
GOGO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0005744 (TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex); GO:0008320 (transmembrane protein transporter activity); GO:0030150 (protein import into mitochondrial matrix)
KEGG-
PfamPF02466 (Tim17)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010612

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057794202.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057794202.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.20000 XP_057794202.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794202.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794202.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:57940198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B59,B64,C49,D8
Chr2:57940300 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B63,B83,B98,C77
Chr2:57940450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,C75,D1
Chr2:57940573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr2:57940584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B68,C32,C68
Chr2:57940585 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B59,B64,C49,D8
Chr2:57940622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:57940646 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C29,C6
Chr2:57940688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C55
Chr2:57940825 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B17,B24,B33,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794202.1
224 aa
N
1
112
224
Tim17
C
PF02466 Tim17 14-121 aa
XP_057794203.1
224 aa
N
1
112
224
Tim17
C
PF02466 Tim17 14-121 aa
XP_057794204.1
224 aa
N
1
112
224
Tim17
C
PF02466 Tim17 14-121 aa
XP_057794205.1
224 aa
N
1
112
224
Tim17
C
PF02466 Tim17 14-121 aa
XP_057794206.1
224 aa
N
1
112
224
Tim17
C
PF02466 Tim17 14-121 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794202.1 Pfam PF02466 Tim17 Family 14 121 2.6e-31 108.9 Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family
XP_057794203.1 Pfam PF02466 Tim17 Family 14 121 2.6e-31 108.9 Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family
XP_057794204.1 Pfam PF02466 Tim17 Family 14 121 2.6e-31 108.9 Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family
XP_057794205.1 Pfam PF02466 Tim17 Family 14 121 2.6e-31 108.9 Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family
XP_057794206.1 Pfam PF02466 Tim17 Family 14 121 2.6e-31 108.9 Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938219.1
AATTTAAAGTGATAGAAAGAAAATTACTCTATTACTGTTATTTCCTAAAACAAGAACGAAGCTGTTCGCGATTCGCATCCGCCGCCAATCTTCGCCCTCCGCTGTCGGCCCCTCCCCAGTCGCCGTCGTTGCCTCATCCTTTGACTTTTTCCAGTCAAAGAGATACTCTTTGTCCCTTTTAGAAAAGCACATACATCCACCACTGGTTGCCTCAACATCGGCATCGACTCTGTTCACCTGACTTTGACAAAAACACCGAC...
XM_057938220.1
AAGTGATAGAAAGAAAATTACTCTATTACTGTTATTTCCTAAAACAAGAACGAAGCTGTTCGCGATTCGCATCCGCCGCCAATCTTCGCCCTCCGCTGTCGGCCCCTCCCCAGTCGCCGTCGTTGCCTCATCCTTTGACGTCTTTGCAGTTTTTCCAGTCAAAGAGATACTCTTTGTCCCTTTTAGAAAAGCACATACATCCACCACTGGTTGCCTCAACATCGGCATCGACTCTGTTCACCTGACTTTGACAAAAACAC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131010612
ATGGCCACCACCCCGGATAGAGAACCTTGCCCGGACCGTATCTTTGATGACATAGGTGGAGCTTTTGGGATGGGTGCTATTGGTGGTGGAACTTTCCATTTCTTGAAAGGAATCTACAACTCACCTAAAGGCGAGCGTTTGATTGGGGGTTCTCAAGCTGTCCGCATGAATGCTCCTCGTGTTGGTGGTAGTTTTGCGGTATGGGGTGGGCTTTTTTCCACATTTGACTGCACAATGGTCTACATGAGGCAGAAAGAGGA...
LOC131010612
ATGGCCACCACCCCGGATAGAGAACCTTGCCCGGACCGTATCTTTGATGACATAGGTGGAGCTTTTGGGATGGGTGCTATTGGTGGTGGAACTTTCCATTTCTTGAAAGGAATCTACAACTCACCTAAAGGCGAGCGTTTGATTGGGGGTTCTCAAGCTGTCCGCATGAATGCTCCTCGTGTTGGTGGTAGTTTTGCGGTATGGGGTGGGCTTTTTTCCACATTTGACTGCACAATGGTCTACATGAGGCAGAAAGAGGA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057794202.1
MATTPDREPCPDRIFDDIGGAFGMGAIGGGTFHFLKGIYNSPKGERLIGGSQAVRMNAPRVGGSFAVWGGLFSTFDCTMVYMRQKEDPWNSIIAGAAAGGFLQMRQGMRAASRSAFFGGALLALIEGAAIMVNKVTSAPPNSPPMEEPVPNVAGMPGYPMGQLPGQPPVNVQSMDEGSSSSPSSSSWFGGLFGRKEDTAPSDGSETKVLESFDAPNPPSFEYKS
XP_057794203.1
MATTPDREPCPDRIFDDIGGAFGMGAIGGGTFHFLKGIYNSPKGERLIGGSQAVRMNAPRVGGSFAVWGGLFSTFDCTMVYMRQKEDPWNSIIAGAAAGGFLQMRQGMRAASRSAFFGGALLALIEGAAIMVNKVTSAPPNSPPMEEPVPNVAGMPGYPMGQLPGQPPVNVQSMDEGSSSSPSSSSWFGGLFGRKEDTAPSDGSETKVLESFDAPNPPSFEYKS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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