Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003678

染色体: Chr02 坐标: 58147251-58156922 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003678
名称SmilChr02G003678
描述lariat debranching enzyme
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向58147251 - 58156922 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010632
GeneID131010632
locus_tag-
NCBI NameLOC131010632
原始查询SmilChr02G003678

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述lariat debranching enzyme
产物lariat debranching enzyme
ArabidopsisAT4G31770 (DBR1)
debranching enzyme 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829305]
identity=66.9; qcov=0.793; evalue=1.12e-125; confidence=high
RiceOs03g0725300 (DBR1)
-
identity=60.1; qcov=0.918; evalue=1.57e-126; confidence=high
GOGO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005634 (nucleus); GO:0008419 (RNA lariat debranching enzyme activity)
KEGG-
PfamPF00149 (Metallophos); PF05011 (DBR1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010632

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794229.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057794236.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057794229.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057794229.1
5 PML body PML body 0.20000 XP_057794236.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:58148258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr2:58148761 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr2:58148972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr2:58150469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B86
Chr2:58155180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794229.1
406 aa
N
1
203
406
Metallophos
DBR1
C
PF00149 Metallophos 1-229 aa PF05011 DBR1 243-364 aa
XP_057794230.1
406 aa
N
1
203
406
Metallophos
DBR1
C
PF00149 Metallophos 1-229 aa PF05011 DBR1 243-364 aa
XP_057794231.1
406 aa
N
1
203
406
Metallophos
DBR1
C
PF00149 Metallophos 1-229 aa PF05011 DBR1 243-364 aa
XP_057794232.1
406 aa
N
1
203
406
Metallophos
DBR1
C
PF00149 Metallophos 1-229 aa PF05011 DBR1 243-364 aa
XP_057794233.1
406 aa
N
1
203
406
Metallophos
DBR1
C
PF00149 Metallophos 1-229 aa PF05011 DBR1 243-364 aa
XP_057794234.1
406 aa
N
1
203
406
Metallophos
DBR1
C
PF00149 Metallophos 1-229 aa PF05011 DBR1 243-364 aa
XP_057794235.1
406 aa
N
1
203
406
Metallophos
DBR1
C
PF00149 Metallophos 1-229 aa PF05011 DBR1 243-364 aa
XP_057794236.1
328 aa
N
1
164
328
DBR1
C
PF05011 DBR1 165-286 aa
XP_057794237.1
328 aa
N
1
164
328
DBR1
C
PF05011 DBR1 165-286 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794229.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 1 229 1.9e-12 48.8 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057794229.1 Pfam PF05011 DBR1 Domain 243 364 1.7e-30 106.9 Lariat debranching enzyme, C-terminal domain
XP_057794230.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 1 229 1.9e-12 48.8 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057794230.1 Pfam PF05011 DBR1 Domain 243 364 1.7e-30 106.9 Lariat debranching enzyme, C-terminal domain
XP_057794231.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 1 229 1.9e-12 48.8 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057794231.1 Pfam PF05011 DBR1 Domain 243 364 1.7e-30 106.9 Lariat debranching enzyme, C-terminal domain
XP_057794232.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 1 229 1.9e-12 48.8 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057794232.1 Pfam PF05011 DBR1 Domain 243 364 1.7e-30 106.9 Lariat debranching enzyme, C-terminal domain
XP_057794233.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 1 229 1.9e-12 48.8 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057794233.1 Pfam PF05011 DBR1 Domain 243 364 1.7e-30 106.9 Lariat debranching enzyme, C-terminal domain
XP_057794234.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 1 229 1.9e-12 48.8 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057794234.1 Pfam PF05011 DBR1 Domain 243 364 1.7e-30 106.9 Lariat debranching enzyme, C-terminal domain
XP_057794235.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 1 229 1.9e-12 48.8 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057794235.1 Pfam PF05011 DBR1 Domain 243 364 1.7e-30 106.9 Lariat debranching enzyme, C-terminal domain
XP_057794236.1 Pfam PF05011 DBR1 Domain 165 286 1.1e-30 107.5 Lariat debranching enzyme, C-terminal domain
XP_057794237.1 Pfam PF05011 DBR1 Domain 165 286 1.1e-30 107.5 Lariat debranching enzyme, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938251.1
CCAACTTGCTGGTTAAATAAAATTAAGAATAAAACTCAGCCCAAAATTCTCGCTCCCGCCCTCTTCTCTCTTGCTCGCCGCCGCCGGACCGCCCCGCCCCGTCTCCTCCGGTAGCAGCCGCAGCACAGCACGTCGGCAGCAGCGCAGCAAGCCTGCAGAAGTCCGCCCAGCTGCACCGCAGCACCAGTCCGCCTCCGTCAGCCAGCAATGAAGATAGCTGTGGAAGGGTGCATGCATGGTGATTTGGACGATGTATATGC...
XM_057938248.1
CCAACTTGCTGGTTAAATAAAATTAAGAATAAAACTCAGCCCAAAATTCTCGCTCCCGCCCTCTTCTCTCTTGCTCGCCGCCGCCGGACCGCCCCGCCCCGTCTCCTCCGGTAGCAGCCGCAGCACAGCACGTCGGCAGCAGCGCAGCAAGCCTGCAGAAGTCCGCCCAGCTGCACCGCAGCACCAGTCCGCCTCCGTCAGCCAGCAATGAAGATAGCTGTGGAAGGGTGCATGCATGGTGATTTGGACGATGTATATGC...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC131010632
ATGAAGATAGCTGTGGAAGGGTGCATGCATGGTGATTTGGACGATGTATATGCTACTCTTTTACACCTGCAAGAAATCGAAAAAACCAAAATTGATCTTCTCATTTGCTGTGGGGACTTCCAGGCCGTTCGGAATGAGAAAGATCTGGACAGCTTAAATGTGCCACCTAAGTACCTGACAATGAAAACTTTCTGGAAGTATTACTCGGGGGAGAAAGTAGCACCCTTTCCAACTATATTCATTGGCGGGAATCATGAAGC...
LOC131010632
ATGAAGATAGCTGTGGAAGGGTGCATGCATGGTGATTTGGACGATGTATATGCTACTCTTTTACACCTGCAAGAAATCGAAAAAACCAAAATTGATCTTCTCATTTGCTGTGGGGACTTCCAGGCCGTTCGGAATGAGAAAGATCTGGACAGCTTAAATGTGCCACCTAAGTACCTGACAATGAAAACTTTCTGGAAGTATTACTCGGGGGAGAAAGTAGCACCCTTTCCAACTATATTCATTGGCGGGAATCATGAAGC...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057794229.1
MKIAVEGCMHGDLDDVYATLLHLQEIEKTKIDLLICCGDFQAVRNEKDLDSLNVPPKYLTMKTFWKYYSGEKVAPFPTIFIGGNHEASNYLWELYYGGWAAPQIYFLGFAGVVKFGNIRIGGLSGIYKANHYRLGHYEKLPYNEQDIRSIYHVREYDVHKLMQVQEPIDIFLSHDWPCGITDHGNVRNLIRQKPFFEREISEGTLGSRAAADLLAKLMPPYWFSAHLHCKFPALVQHGNGGSLTKFLALDKCIAGRKFLQ...
XP_057794230.1
MKIAVEGCMHGDLDDVYATLLHLQEIEKTKIDLLICCGDFQAVRNEKDLDSLNVPPKYLTMKTFWKYYSGEKVAPFPTIFIGGNHEASNYLWELYYGGWAAPQIYFLGFAGVVKFGNIRIGGLSGIYKANHYRLGHYEKLPYNEQDIRSIYHVREYDVHKLMQVQEPIDIFLSHDWPCGITDHGNVRNLIRQKPFFEREISEGTLGSRAAADLLAKLMPPYWFSAHLHCKFPALVQHGNGGSLTKFLALDKCIAGRKFLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器