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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003689

染色体: Chr02 坐标: 58283769-58293795 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003689
名称SmilChr02G003689
描述signal peptide peptidase-like 5
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向58283769 - 58293795 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010641
GeneID131010641
locus_tag-
NCBI NameLOC131010641
原始查询SmilChr02G003689

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述signal peptide peptidase-like 5
产物signal peptide peptidase-like 5
ArabidopsisAT1G05820 (SPPL5)
SIGNAL PEPTIDE PEPTIDASE-LIKE 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837092]
identity=60.3; qcov=0.992; evalue=1.66e-168; confidence=high
RiceOs11g0433200
-
identity=57.2; qcov=0.98; evalue=8.62e-166; confidence=high
GOGO:0005765 (lysosomal membrane); GO:0030660 (Golgi-associated vesicle membrane); GO:0033619 (membrane protein proteolysis); GO:0042500 (aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving); GO:0098553 (lumenal side of endoplasmic reticulum membrane); GO:0098554 (cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane)
KEGG-
PfamPF02225 (PA); PF04258 (Peptidase_A22B)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010641

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057794252.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057794251.1
3 Lysosome 溶酶体 0.60000 XP_057794251.1
4 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057794252.1
5 Lysosome membrane 溶酶体膜 0.60000 XP_057794251.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:58283850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C29,C6
Chr2:58286293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr2:58287203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:58287234 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr2:58287405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,C48
Chr2:58287410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr2:58287536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B84,C82
Chr2:58289078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A20,B79,C43
Chr2:58291219 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C80
Chr2:58291245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B132,B9,C10,C67
Chr2:58291280 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr2:58293290 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C29,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794250.1
523 aa
N
1
262
523
PA
Peptidase_A22B
C
PF02225 PA 83-158 aa PF04258 Peptidase_A22B 229-509 aa
XP_057794251.1
492 aa
N
1
246
492
PA
Peptidase_A22B
C
PF02225 PA 52-127 aa PF04258 Peptidase_A22B 198-478 aa
XP_057794252.1
469 aa
N
1
234
469
PA
Peptidase_A22B
C
PF02225 PA 83-158 aa PF04258 Peptidase_A22B 229-463 aa
XP_057794253.1
401 aa
N
1
200
401
Peptidase_A22B
C
PF04258 Peptidase_A22B 107-387 aa
XP_057794254.1
391 aa
N
1
196
391
Peptidase_A22B
C
PF04258 Peptidase_A22B 97-377 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794250.1 Pfam PF02225 PA Domain 83 158 1.3e-13 51.6 PA domain
XP_057794250.1 Pfam PF04258 Peptidase_A22B Family 229 509 7.9e-95 318.5 Signal peptide peptidase
XP_057794251.1 Pfam PF02225 PA Domain 52 127 1.2e-13 51.7 PA domain
XP_057794251.1 Pfam PF04258 Peptidase_A22B Family 198 478 7.1e-95 318.6 Signal peptide peptidase
XP_057794252.1 Pfam PF02225 PA Domain 83 158 1.2e-13 51.7 PA domain
XP_057794252.1 Pfam PF04258 Peptidase_A22B Family 229 463 8.8e-73 246.1 Signal peptide peptidase
XP_057794253.1 Pfam PF04258 Peptidase_A22B Family 107 387 4e-95 319.5 Signal peptide peptidase
XP_057794254.1 Pfam PF04258 Peptidase_A22B Family 97 377 3.7e-95 319.6 Signal peptide peptidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096633.1
TGAAGCACCCAACTTCCAAAATTTCCTTCCGATTTTCCCTCTCGATTTTTGAAGCGTCTAACATCTTTCCAAAAAATTCTTCCGATTTTCCCTCTCCCAAGCTCTAGCTGTAAATCTTCATAATTCATTCATGCAATTAATCATTTATTTTCCTTCTGCTTCAAAGAATGTCCAATCTAGAGTCGAGACGGGAGAGCAAGTTTATACCCGTTAATCCATTTCAATTACAACCAACAAAGAAGGAGAAAAAAATAATAATT...
XM_057938268.1
TCAATGTCGGGTATTTTGAAGCACCCAACTACAAGTCTACAAGCCTAGTGGTGAGCTGAGGCCAATTAAAAATGTCAATTTCTCAATGTCAGGTTAAGGTTAAGAAGTGGGTAAATGGTGATGAAAATGAGCCACTTTTTGGGTTAAATGCAGCTTTTGGCTCTATCTTACCCGAGGAACTCAAACAAGCACAAAGATTGCCTGCCAACTTTCTGGAACCTGTTACTGGTTGTTCACTCTCATCCTCGAAGTTGCCAGGT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131010641
ATGTCAATTTCTCAATGTCAGGTTAAGGTTAAGAAGTGGGTAAATGGTGATGAAAATGAGCCACTTTTTGGGTTAAATGCAGCTTTTGGCTCTATCTTACCCGAGGAACTCAAACAAGCACAAAGATTGCCTGCCAACTTTCTGGAACCTGTTACTGGTTGTTCACTCTCATCCTCGAAGTTGCCAGGTTCTATTGCTTTGGTACTGCGTGGTGATTGCGACTTTACAACTAAGGCTGAAGTTGCTCAAGCGGGAGGATC...
LOC131010641
ATGGCTCCTGCTTCGTCGTATCGATTAATGTCATTGTCATTTTTCTTGCTGTTACTGTCTGCGATCGCCGTCGGTGACGATGTTTCGGCCGCCTGCAGAAATGATTTCCCATTGGTTAAGGTTAAGAAGTGGGTAAATGGTGATGAAAATGAGCCACTTTTTGGGTTAAATGCAGCTTTTGGCTCTATCTTACCCGAGGAACTCAAACAAGCACAAAGATTGCCTGCCAACTTTCTGGAACCTGTTACTGGTTGTTCACT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057794250.1
MAPASSYRLMSLSFFLLLLSAIAVGDDVSAACRNDFPLVKVKKWVNGDENEPLFGLNAAFGSILPEELKQAQRLPANFLEPVTGCSLSSSKLPGSIALVLRGDCDFTTKAEVAQAGGSAALVMINTDDDLPEMGCANSTKLNIKIPVIAISKSAGQDLKKSITDGMKVELLVYSPNRPVVDYSVVFLWMMSVGTVVSATLWSDIVGSEEYDEPSNELSPQESDAGADKDDAILHITTISAVVFVISASTFLLLLYFFMSA...
XP_057794251.1
MSISQCQVKVKKWVNGDENEPLFGLNAAFGSILPEELKQAQRLPANFLEPVTGCSLSSSKLPGSIALVLRGDCDFTTKAEVAQAGGSAALVMINTDDDLPEMGCANSTKLNIKIPVIAISKSAGQDLKKSITDGMKVELLVYSPNRPVVDYSVVFLWMMSVGTVVSATLWSDIVGSEEYDEPSNELSPQESDAGADKDDAILHITTISAVVFVISASTFLLLLYFFMSASFVWVLIVLFCLGGVEGMHSCIVSLISSKCK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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