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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003696

染色体: Chr02 坐标: 58413409-58416767 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003696
名称SmilChr02G003696
描述uncharacterized SmilChr02G003696
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向58413409 - 58416767 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010649
GeneID131010649
locus_tag-
NCBI NameLOC131010649
原始查询SmilChr02G003696

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Terpenoid synthases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842571]; symbol=AT1G62730; hit=AT1G62730; species=arabidopsis; confidence=high
产物Terpenoid synthases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842571]; symbol=AT1G62730; hit=AT1G62730; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G62730 (AT1G62730)
Terpenoid synthases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842571]
identity=71.6; qcov=1; evalue=4.5e-162; confidence=high
RiceOs06g0104100
-
identity=66.8; qcov=1; evalue=3.5e-142; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0009058 (biosynthetic process); GO:0032981 (mitochondrial respiratory chain complex I assembly)
KEGG-
PfamPF00494 (SQS_PSY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010649

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057794260.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794260.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794260.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794260.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794260.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:58415693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B24,B33,B7,C48
Chr2:58415746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B18,B63,B83,C77,C79
Chr2:58415889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:58416078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B65,C8
Chr2:58416174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B24,B33,B7,C48
Chr2:58416220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B140,B86
Chr2:58416248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr2:58416284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B4
Chr2:58416307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B65,C8
Chr2:58416398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B24,B33,B7,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794260.1
303 aa
N
1
152
303
SQS_PSY
C
PF00494 SQS_PSY 21-278 aa
XP_057794261.1
303 aa
N
1
152
303
SQS_PSY
C
PF00494 SQS_PSY 21-278 aa
XP_057794262.1
303 aa
N
1
152
303
SQS_PSY
C
PF00494 SQS_PSY 21-278 aa
XP_057794263.1
303 aa
N
1
152
303
SQS_PSY
C
PF00494 SQS_PSY 21-278 aa
XP_057794264.1
303 aa
N
1
152
303
SQS_PSY
C
PF00494 SQS_PSY 21-278 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794260.1 Pfam PF00494 SQS_PSY Domain 21 278 1.6e-56 192.6 Squalene/phytoene synthase
XP_057794261.1 Pfam PF00494 SQS_PSY Domain 21 278 1.6e-56 192.6 Squalene/phytoene synthase
XP_057794262.1 Pfam PF00494 SQS_PSY Domain 21 278 1.6e-56 192.6 Squalene/phytoene synthase
XP_057794263.1 Pfam PF00494 SQS_PSY Domain 21 278 1.6e-56 192.6 Squalene/phytoene synthase
XP_057794264.1 Pfam PF00494 SQS_PSY Domain 21 278 1.6e-56 192.6 Squalene/phytoene synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938277.1
GCAATAGAGAAGGAAAGAAAAATGAAAAAGGCAGGAAAGCCTAAATCTTTCACCACGCCTCAGCTTCTTCTTCTTTGCACAACTAACCTTCCATTCCTCCTCCGGTCGCTGCCGCCCGCCTCCCTCCGGCTTCGGCGCTTCTGTCGGCCCTTCCGGCGACTCCACAGAGGCAGCTTCCAACACCGCCAGTCTCCAATGCTACATCGGCTGTCAATCACCAACCTGATGAGAATTCGACTATGAGGCAGCATCTCGTTGGA...
XM_057938278.1
AATAGAGAAGGAAAGAAAAATGAAAAAGGCAGGAAAGCCTAAATCTTTCACCACGCCTCAGCTTCTTCTTCTTTGCACAACTAACCTTCCATTCCTCCTCCGGTCGCTGCCGCCCGCCTCCCTCCGGCTTCGGCGCTTCTGTCGGCCCTTCCGGCGACTCCACAGAGGCAGCTTCCAACACCGCCAGGTAAGTCTCCAATGCTACATCGGCTGTCAATCACCAACCTGATGAGAATTCGACTATGAGGCAGCATCTCGTT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131010649
ATGAGCAGCAGTTCCAGTTCAAGTGGTGTACGAGCAGCTCTCTCCTACTGCGTTCAACAAGTACGAAGTTATGATTACCACCACTACCTATGCCTTCTCGAGCTTCCACCAAACGTGCGTAAATCCGCCTTTGCACTCCGAGCTTTTAATGTTGAGACAGCGAGAGCAATGGATGTGGCTTCCGACCCCAGAATTGGGCTGATGCGGCTGCTTTGGTGGCAAGAAGCTATCGACAAGATCTTCTCGAACAAGTTAATCGA...
LOC131010649
ATGAGCAGCAGTTCCAGTTCAAGTGGTGTACGAGCAGCTCTCTCCTACTGCGTTCAACAAGTACGAAGTTATGATTACCACCACTACCTATGCCTTCTCGAGCTTCCACCAAACGTGCGTAAATCCGCCTTTGCACTCCGAGCTTTTAATGTTGAGACAGCGAGAGCAATGGATGTGGCTTCCGACCCCAGAATTGGGCTGATGCGGCTGCTTTGGTGGCAAGAAGCTATCGACAAGATCTTCTCGAACAAGTTAATCGA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057794260.1
MSSSSSSSGVRAALSYCVQQVRSYDYHHYLCLLELPPNVRKSAFALRAFNVETARAMDVASDPRIGLMRLLWWQEAIDKIFSNKLIEHPVAQALASVASQHKASKIWLKRSIDARIIDAQREPTDIPQTMEELERYGEDTMSTILYSTLEAGGIKSTAADHAASHIGKASGLTLLIKSLPYHASRNRHFPYIPAEIAEKHGLLVNQSGRSEIRMDSREELCNVVFEMASVANAHLQKARALAKTVPREAHPVLLPAVPTQ...
XP_057794261.1
MSSSSSSSGVRAALSYCVQQVRSYDYHHYLCLLELPPNVRKSAFALRAFNVETARAMDVASDPRIGLMRLLWWQEAIDKIFSNKLIEHPVAQALASVASQHKASKIWLKRSIDARIIDAQREPTDIPQTMEELERYGEDTMSTILYSTLEAGGIKSTAADHAASHIGKASGLTLLIKSLPYHASRNRHFPYIPAEIAEKHGLLVNQSGRSEIRMDSREELCNVVFEMASVANAHLQKARALAKTVPREAHPVLLPAVPTQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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