当前解析结果
SmilChr02G003700| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003700 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003700 |
| 描述 | ergosterol biosynthetic protein 28 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 58464600 - 58468207 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010654 |
|---|---|
| GeneID | 131010654 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010654 |
| 原始查询 | SmilChr02G003700 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ergosterol biosynthetic protein 28 |
| 产物 | ergosterol biosynthetic protein 28 |
| Arabidopsis | AT1G10030 (ERG28)ergosterol biosynthesis protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837538] identity=77.2; qcov=0.984; evalue=2.77e-70; confidence=high |
| Rice | Os12g0633200- identity=77.5; qcov=1; evalue=3.43e-74; confidence=high |
| GO | GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0016020 (membrane); GO:0030674 (protein-macromolecule adaptor activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03694 (Erg28) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010654 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057794270.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057794270.1 |
| 3 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057794270.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794270.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794270.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:58466107 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B91,B98,C87,D2 |
Chr2:58466157 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B140 |
Chr2:58466197 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,B4 |
Chr2:58466251 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B104,C30,C49 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794270.1PF03694
Erg28 4-112 aa
XP_057794271.1PF03694
Erg28 4-112 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794270.1 |
Pfam | PF03694 |
Erg28 | Family | 4 | 112 | 1.5e-30 | 106.4 | Erg28 like protein |
XP_057794271.1 |
Pfam | PF03694 |
Erg28 | Family | 4 | 112 | 1.5e-30 | 106.4 | Erg28 like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。