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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003704

染色体: Chr02 坐标: 58529391-58534339 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003704
名称SmilChr02G003704
描述homeotic protein knotted-1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向58529391 - 58534339 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010657
GeneID131010657
locus_tag-
NCBI NameLOC131010657
原始查询SmilChr02G003704

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述homeotic protein knotted-1-like
产物homeotic protein knotted-1-like
ArabidopsisAT4G08150 (KNAT1)
homeobox knotted-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826364]
identity=67.5; qcov=0.891; evalue=1.6e-133; confidence=high
RiceOs03g0727000 (OSH1)
-
identity=67.8; qcov=0.756; evalue=5.61e-117; confidence=high
GOGO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00046 (Homeodomain); PF03789 (ELK); PF03790 (KNOX1); PF03791 (KNOX2); PF05920 (Homeobox_KN)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010657

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794276.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794276.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794276.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794276.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057794276.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:58529779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr2:58529800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,B5,C49
Chr2:58529859 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr2:58529905 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:58529922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A7,B133,C81
Chr2:58529981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:58530101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr2:58530287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:58530356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B91,C87,D2
Chr2:58533800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,B25,C80
Chr2:58533824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B61,B80,C58
Chr2:58533889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794276.1
352 aa
N
1
176
352
KNOX1
KNOX2
ELK
Homeobox_KN
Homeodomain
C
PF03790 KNOX1 94-135 aa PF03791 KNOX2 148-194 aa PF03789 ELK 232-253 aa PF05920 Homeobox_KN 272-311 aa PF00046 Homeodomain 279-312 aa
XP_057794277.1
349 aa
N
1
174
349
KNOX1
KNOX2
ELK
Homeobox_KN
Homeodomain
C
PF03790 KNOX1 94-135 aa PF03791 KNOX2 148-194 aa PF03789 ELK 229-250 aa PF05920 Homeobox_KN 269-308 aa PF00046 Homeodomain 276-309 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794276.1 Pfam PF03790 KNOX1 Family 94 135 2.7e-22 79.0 KNOX1 domain
XP_057794276.1 Pfam PF03791 KNOX2 Family 148 194 4.1e-24 84.6 KNOX2 domain
XP_057794276.1 Pfam PF03789 ELK Family 232 253 1.5e-09 38.3 ELK domain
XP_057794276.1 Pfam PF05920 Homeobox_KN Family 272 311 5.3e-19 68.5 Homeobox KN domain
XP_057794276.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 279 312 3.9e-07 30.5 Homeodomain
XP_057794277.1 Pfam PF03790 KNOX1 Family 94 135 2.6e-22 79.0 KNOX1 domain
XP_057794277.1 Pfam PF03791 KNOX2 Family 148 194 4e-24 84.6 KNOX2 domain
XP_057794277.1 Pfam PF03789 ELK Family 229 250 1.4e-09 38.3 ELK domain
XP_057794277.1 Pfam PF05920 Homeobox_KN Family 269 308 5.2e-19 68.5 Homeobox KN domain
XP_057794277.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 276 309 3.9e-07 30.5 Homeodomain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938294.1
GGTAATTTCGTAATACTAATAATTAGTTTAGAATGTATGAATCCATAAACCTGTTGAAAGTAAGTGGGAAACAACGGAAAGAAAACAAAAACTGCTTCACTTGTCAATCGCTGCTTCTCAAAGCGCTACTCTCTTCTTTGCCTAGCTTGCAATAATATAATTCTCCCAAATTTCACTCCTTCTTCTCAACCACCGCCGCCCTCTCTCCGCCGCTCTTAATCTCCATCATGCTACAGTCTCACACCTGCTTCACAATCACA...
XM_057938293.1
ATAAACCTGTTGAAAGTAAGTGGGAAACAACGGAAAGAAAACAAAAACTGCTTCACTTGTCAATCGCTGCTTCTCAAAGCGCTACTCTCTTCTTTGCCTAGCTTGCAATAATATAATTCTCCCAAATTTCACTCCTTCTTCTCAACCACCGCCGCCCTCTCTCCGCCGCTCTTAATCTCCATCATGCTACAGTCTCACACCTGCTTCACAATCACACCTCCAAACTTGAGCTACAAAATCTCGAAAAAGATCCGATTCGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131010657
ATGGAGGAGTACAATCATGAGATGAGCGGTAACTCGAATTCGAGGTGCAATTTCCTATACGGAGATTCTTCAGTGTATGGGAGAAGCAGCTTCCATCTCCAATCACCAGATTGCTACGATCAATCGGAAGCGCAGCAGCAGCACCAGACGGTCAAAACTGAATCTCGAAATCACGCTTCGAGGTTTCACTACACCGCGATTACTCCGGCCGCGGTGGAGGACCACCGCCGCCGCCATGATCGGAGGCAGGAAAACGACGG...
LOC131010657
ATGGAGGAGTACAATCATGAGATGAGCGGTAACTCGAATTCGAGGTGCAATTTCCTATACGGAGATTCTTCAGTGTATGGGAGAAGCAGCTTCCATCTCCAATCACCAGATTGCTACGATCAATCGGAAGCGCAGCAGCAGCACCAGACGGTCAAAACTGAATCTCGAAATCACGCTTCGAGGTTTCACTACACCGCGATTACTCCGGCCGCGGTGGAGGACCACCGCCGCCGCCATGATCGGAGGCAGGAAAACGACGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057794276.1
MEEYNHEMSGNSNSRCNFLYGDSSVYGRSSFHLQSPDCYDQSEAQQQHQTVKTESRNHASRFHYTAITPAAVEDHRRRHDRRQENDGSGEAESIKAKIIAHPQYSNLLDAYMDCQKVGAPPDVVARLAVVRQEFEASQRAAAAAGRDVSKDPELDQFMEAYYDMLVKYREELTKPIHEAMEFMRRIEKQLNLLTNNSSTVTTDEKYDGGSSEDNSGGEREVPEIDPRAEERELKNHLLKKYSGYLSSLKQELSKKKKKGK...
XP_057794277.1
MEEYNHEMSGNSNSRCNFLYGDSSVYGRSSFHLQSPDCYDQSEAQQQHQTVKTESRNHASRFHYTAITPAAVEDHRRRHDRRQENDGSGEAESIKAKIIAHPQYSNLLDAYMDCQKVGAPPDVVARLAVVRQEFEASQRAAAAAGRDVSKDPELDQFMEAYYDMLVKYREELTKPIHEAMEFMRRIEKQLNLLTNNSSTDEKYDGGSSEDNSGGEREVPEIDPRAEERELKNHLLKKYSGYLSSLKQELSKKKKKGKLPK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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