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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003706

染色体: Chr02 坐标: 58596819-58597295 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003706
名称SmilChr02G003706
描述antifungal protein ginkbilobin-like protein
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向58596819 - 58597295 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010659
GeneID131010659
locus_tag-
NCBI NameLOC131010659
原始查询SmilChr02G003706

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述antifungal protein ginkbilobin-like protein
产物antifungal protein ginkbilobin-like protein
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0009506 (plasmodesma)
KEGG-
PfamPF01657 (Stress-antifung)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010659

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057794279.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057794279.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794279.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794279.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794279.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:58596885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B120,B77,B85
Chr2:58596897 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A4,B118,C82
Chr2:58596897 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B118,C82
Chr2:58596923 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 6 B121,B25,C2,C32,C68,C80
Chr2:58596933 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr2:58596952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B118,C82
Chr2:58596994 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C55
Chr2:58596996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B118,C82
Chr2:58597028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr2:58597030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B131,B65,B7,C8
Chr2:58597038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B118,C82
Chr2:58597044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794279.1
133 aa
N
1
66
133
Stress-antifung
C
PF01657 Stress-antifung 34-129 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794279.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 34 129 2.6e-06 28.7 Salt stress response/antifungal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938296.1
AAGACCAGCAACCAACAATGGCTAAACCCATCACTCAAATTCTCGCATCAATTCTGCTGCTCTCCTTCTGCCGGATCTCCACCGGCAAACCCAACACTGTCGTGAAAAGCATGCTCTGCAACTCCAGCACCTACACCAAAGGCTACCATTTCACCATTAGCTTGGCCTACATCCTTGGCCAATTGGAGAGTGCCACGTTGTTGCGTCTTGGATACGATCTCGACAACATCTCTCCCTACCGAACACCTTTCGCCTACGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010659
ATGGCTAAACCCATCACTCAAATTCTCGCATCAATTCTGCTGCTCTCCTTCTGCCGGATCTCCACCGGCAAACCCAACACTGTCGTGAAAAGCATGCTCTGCAACTCCAGCACCTACACCAAAGGCTACCATTTCACCATTAGCTTGGCCTACATCCTTGGCCAATTGGAGAGTGCCACGTTGTTGCGTCTTGGATACGATCTCGACAACATCTCTCCCTACCGAACACCTTTCGCCTACGACCACGCCGCCTGCAACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794279.1
MAKPITQILASILLLSFCRISTGKPNTVVKSMLCNSSTYTKGYHFTISLAYILGQLESATLLRLGYDLDNISPYRTPFAYDHAACNQTLTSSDCVAYLAAAKTAMLVSCDGRIGAHGELYDCLVRYEQYPFDD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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