当前解析结果
SmilChr02G003706| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003706 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003706 |
| 描述 | antifungal protein ginkbilobin-like protein |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 58596819 - 58597295 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010659 |
|---|---|
| GeneID | 131010659 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010659 |
| 原始查询 | SmilChr02G003706 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | antifungal protein ginkbilobin-like protein |
| 产物 | antifungal protein ginkbilobin-like protein |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0009506 (plasmodesma) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01657 (Stress-antifung) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010659 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057794279.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057794279.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794279.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794279.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794279.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:58596885 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A4,B120,B77,B85 |
Chr2:58596897 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | A4,B118,C82 |
Chr2:58596897 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,B118,C82 |
Chr2:58596923 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B121,B25,C2,C32,C68,C80 |
Chr2:58596933 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr2:58596952 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,B118,C82 |
Chr2:58596994 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,C55 |
Chr2:58596996 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,B118,C82 |
Chr2:58597028 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr2:58597030 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B131,B65,B7,C8 |
Chr2:58597038 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,B118,C82 |
Chr2:58597044 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B98 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794279.1PF01657
Stress-antifung 34-129 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794279.1 |
Pfam | PF01657 |
Stress-antifung | Family | 34 | 129 | 2.6e-06 | 28.7 | Salt stress response/antifungal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。