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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003709`

染色体: Chr02 坐标: 58648541-58658191 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003709`
名称	SmilChr02G003709
描述	uncharacterized SmilChr02G003709
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	58648541 - 58658191 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009805`
GeneID	`131009805`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009805`
原始查询	`SmilChr02G003709`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=40.5; qcov=0.119; evalue=1.37e-30; confidence=weak
Rice	`Os04g0191000` - identity=48.2; qcov=0.294; evalue=4.31e-101; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF09331 (DUF1985); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF29561 (DUF8566)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009805

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793196.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057793196.1`
3	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057793196.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057793196.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793196.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:58649065`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr2:58649068`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C67
`Chr2:58649068`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C67
`Chr2:58649080`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr2:58649094`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr2:58649592`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr2:58649693`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B96,C28,C38,D7
`Chr2:58649701`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14
`Chr2:58649905`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B96
`Chr2:58650084`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr2:58650124`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B131
`Chr2:58650173`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793196.1

1241 aa

620

1241

DUF8566

DUF1985

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

PF29561 DUF8566 84-273 aa PF09331 DUF1985 118-243 aa PF00078 RVT_1 878-1036 aa PF17919 RT_RNaseH_2 1100-1192 aa PF17917 RT_RNaseH 1127-1224 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793196.1`	Pfam	`PF29561`	DUF8566	Domain	84	273	1.2e-07	32.5	Domain of unknown function (DUF8566)
`XP_057793196.1`	Pfam	`PF09331`	DUF1985	Family	118	243	6.4e-13	49.6	Domain of unknown function (DUF1985)
`XP_057793196.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	878	1036	1.8e-38	133.2	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057793196.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	1100	1192	2e-30	105.5	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057793196.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	1127	1224	1.3e-31	109.5	RNase H-like domain found in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937213.1
TCTTTTTAAGTAGCATTTTTGATAAAATAAATAAGTTAAGTATCAAGGGTCATAAAAAAATAAGTTTTGTAGCACATTTTGACCTAAAGTGAATGATAGTGACATTTTGTCTTATATTGTCTTTACTCTCTCTCTCTTTCTCTTTCCACGGTTTCCTTCCACAGCCAAAATTTCGAAATTTTCGGCTTTCCAAGAAAAGTGGTCAAACAAGAATCTTCCATCTTGTCTTCACTGGTACACGGTAGCCCAAAAACCCTAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009805
ATGAGCGATAGTGATACTCAATCCGATTACGATGGGGAAGAGGCACAACATATACAACGTGGAAGTCGCCCGAGTACATCGAGGAGGGAAAAATACCCGACGCCGAATCCGCCTCCGAGGCATTCTTGGTTACGTCCGTGCATGCAAGGTTATGCCGGACGAATCAATCACTATGTAAAGGACACGACACTGAAGGAAGTGGAGACCTGTCTGACGCACTACCAGCGTTTAGAACAATTTAAGAAAGGTCCGTTTGGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793196.1
MSDSDTQSDYDGEEAQHIQRGSRPSTSRREKYPTPNPPPRHSWLRPCMQGYAGRINHYVKDTTLKEVETCLTHYQRLEQFKKGPFGHLLQLKRQDSANAALHHLLARELYDEAFGPWEKWFHVGGHDIRFGAVEYCLVTGLCFGPSPQRFDPNVDHRVGKQSLWHGVLKGKKVEVKDLRKRFVNRSLGNNAQDYLKAANILVAYDLLFCRDYKYVHDWVWALVEEDQKWSDFPWGSYSFQVLCHGMSVLKKHPNEITGNR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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