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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003719

染色体: Chr02 坐标: 58808029-58810717 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003719
名称SmilChr02G003719
描述growth-regulating factor 2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向58808029 - 58810717 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010699
GeneID131010699
locus_tag-
NCBI NameLOC131010699
原始查询SmilChr02G003719

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述growth-regulating factor 2-like
产物growth-regulating factor 2-like
ArabidopsisAT4G37740 (GRF2)
growth-regulating factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829930]
identity=50.6; qcov=0.547; evalue=2.26e-42; confidence=medium
RiceOs11g0551900 (OsGRF8)
-
identity=59.3; qcov=0.474; evalue=1.32e-45; confidence=medium
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0032502 (developmental process)
KEGG-
PfamPF08879 (WRC); PF08880 (QLQ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010699

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794344.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794344.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794344.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794344.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057794344.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:58808492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:58810448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,C5
Chr2:58810484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:58810504 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B62,B70,C87
Chr2:58810517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B4,B64,C1,C33,C40
Chr2:58810520 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C53,C78
Chr2:58810538 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:58810544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:58810548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794344.1
285 aa
N
1
142
285
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 95-129 aa PF08879 WRC 151-193 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794344.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 95 129 2.5e-15 56.5 QLQ
XP_057794344.1 Pfam PF08879 WRC Domain 151 193 9.9e-21 73.9 WRC

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938361.1
TATATACAAAATGTATGCATTCATTCTTGTTCTAGGAAATACTCACTAGCTTGTACCAAACCTTTCAGACATCTCCTCTTTCTATCATAAGTCTCCTAACCAAACGCATCACCTTCACACACACACACAATTTAAAATGTGCGAAACAACATCTATCTCCTTGTGCAACTGCAACTCTCCATAATCACATCTCCACCGCACACTTTCTTTATGGATTCTCGGTTGGTTCAAAGTTTGGTCTCTTCACTCTCAGCAACTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010699
ATGGATTCTCGGTTGGTTCAAAGTTTGGTCTCTTCACTCTCAGCAACTGCACCTTCCAACCATGCTGACATCAGCAAGCTCACATTGTACGGATCTGCATTCCTCAACGCAGAATGCGCAGACCTGCGGCCCGCTAAACTGCCCAAGATTTCCTCTTGCGCCGGCGAGATGCCCAACACCGCCGCCGCTTCAACTGCCCAAATGCTCGCCTTCTCCGCGCCGCCCGCCGCATTCCCGTTTTTCACAAACTCATCAGGCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794344.1
MDSRLVQSLVSSLSATAPSNHADISKLTLYGSAFLNAECADLRPAKLPKISSCAGEMPNTAAASTAQMLAFSAPPAAFPFFTNSSGYGCTSMHGPFTPSQWMELEHQAFIYKYITANVPIPSYLLNPIRKALEHSGFSCFSLLRPNALTDPEPGRCRRTDGKKWRCSRDALADHKYCDRHINRGRHRSRKPVEGGATTNHHTPRCPKDKETPKMCMKDKQCNGSLLKPLDETELSMGLGVGAVASKRWGGGPLGEALHTT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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